Комплексы ДНК-белок

Предсказание вторичной структуры тРНК

Для сравнения качества предсказаний вторичной структур тРНК, построенных по алгоритму Зукера(был использован сайт и с помощью команды einverted за основу был взят наиболее достоверный выход программы find pair из предыдущего практикума. Результаты приведены ниже в таблице и на рисуеках 1 и 2.

Рис. 1 Модель вторичной структуры трнк, построенной по Зукеру

Рис. 2 Шпиль структуры трнк, построенной с помощью. Не удалось предсказать ни одного шпиля, а Minimum score threshold пришлось понизить до 5. не помогло.

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-901-907-3' 5'-966-972-3' Всего 7 пар	предсказано 0 пар из 7 реальных	предсказано 6 пар из 7 реальных
D-стебель	5'-910-913-3' 5'-922-925-3' Всего 4 пары	предсказано 0 пар из 4 реальных	предсказано 3 пары из 4 реальных + 3 лишних
T-стебель	5'-949-953-3' 5'-961-965-3' Всего 5 пар	предсказано 0 пар из 4 реальных	предсказано 5 пар из 5 реальных
Антикодоновый стебель	5'-939-944-3' 5'-926-931-3' Всего 6 пар	предсказано 0 пар из 6 реальных	предсказано 5 пар из 6 реальных
Общее число канонических пар нуклеотидов	22	0	19

Анализ связи с ДНК по схеме nucplot

Наибольшее число контактов имеет и Lys5(А) - 2 водородные связи. Также Lys5(A) играет большую роль в узнавании образуя двойные связи с 19м и 18м гуанинами. Так же узнаванию способствует Asn56(A) образуя водородную связь с 18м гуанином.

Рис. 3 Контакты Lys5(A) c 18м и 19м гуанинами

Рис. 4 Контакт Asn56(A) c 19 гуанином

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	0	26	26
остатками фосфорной кислоты	24	12	36
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	23	34	57
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	1	1

Комплексы ДНК-белок

Предсказание вторичной структуры тРНК

Структуры ДНК

Упр. 1

Nucplot схема

Анализ связи с ДНК по схеме nucplot