Мембранные белки

Выбранный белок является бактериородопсином(PDB ID 1AP9). Это мембранный светочувствительный белок археот. Они переносят протон через мембрану, строение похоже на родопсины млекопитающих.Белок аналогичен хлорофиллу и осуществляет преобразование энергии солнечного света в энергию химических связей.

Всего было найдено 6 трансмембранных хеликаз со средней длиной около 39 аминокислотных остатков. Если посмотреть на график вероятностей, то трансмембранные части белка имеют вероятности близкие к 1, как и внешние и внутрение части, кроме аминокислот около 200-ой позиции. Это связано с тем, что эта хеликаза плохо укоренена как во внутреннюю так и во внешнюю части мембраны(на рис 2 выделена фиолетовым)А также находится на конце пептидной цепи, что также открывает возможности для подвижности. Вероятностьтого, что N-домен белка находится на внутренней стороне мембраны около 2%.

Структура была скачана из PDB, расположение мембран было рассчитано при помощи PPM Server, структура визуализирована при помощи PyMol.(рис.2)