SwissProt Главная страница

Программа ememetext находит заданные 3 мотива во всех 11 последовательностях.

Motif 1 block diagrams
SEQUENCE NAME POSITION P-VALUE MOTIF DIAGRAM
Prosthecochloris vibrioformis 2.5e-48 9_[1]_212
Prosthecochloris aestuarii 8.2e-48 6_[1]_213
MURI_THEP3 2.1e-47 4_[1]_210
MURI_TRIEI 1.1e-46 8_[1]_212
MURI1_BACSU 1.2e-44 3_[1]_214
MURI_DESAP 2.9e-41 4_[1]_219
MURI_PROMT 3.6e-41 1_[1]_214
Escherichia coli B171 9.1e-41 6_[1]_213
MURI_EUBE2 1.9e-40 1_[1]_214
MURI_LEPBJ 2.3e-37 5_[1]_203
MURI_TREPA 1.5e-35 8_[1]_210

width = 50 Relative Entropy (133.3 bits)

Motif 2 block diagrams
SEQUENCE NAME POSITION P-VALUE MOTIF DIAGRAM
MURI_DESAP 1.4e-29 170_[2]_74
Prosthecochloris aestuarii 6.6e-28 173_[2]_67
Prosthecochloris vibrioformis 4.9e-26 176_[2]_66
MURI1_BACSU 1.7e-25 170_[2]_68
MURI_THEP3 2e-25 167_[2]_68
MURI_TRIEI 2.6e-24 172_[2]_69
MURI_LEPBJ 2.2e-23 168_[2]_61
MURI_PROMT 1.6e-22 163_[2]_73
MURI_EUBE2 3.8e-22 168_[2]_68
MURI_TREPA 7.6e-22 176_[2]_63
Escherichia coli B171 5.2e-21 176_[2]_64

width = 29 Relative Entropy (74.1 bits)

Motif 3 block diagrams
SEQUENCE NAME POSITION P-VALUE MOTIF DIAGRAM
MURI_TRIEI 1e-21 63_[3]_184
Prosthecochloris vibrioformis 2e-20 64_[3]_184
Prosthecochloris aestuarii 5.4e-20 61_[3]_185
MURI_PROMT 2.1e-19 56_[3]_186
MURI1_BACSU 3.3e-19 59_[3]_185
MURI_DESAP 3e-18 59_[3]_191
MURI_THEP3 4.9e-18 59_[3]_182
MURI_EUBE2 2.2e-17 56_[3]_186
MURI_LEPBJ 8.2e-17 60_[3]_175
Escherichia coli B171 2e-16 61_[3]_185
MURI_TREPA 5.4e-16 64_[3]_181

width = 23 Relative Entropy (55.1 bits) --------------------------------------------------------------------------------

Представленность домена PF01177 в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PF01177.
Эукариоты Зеленые растения 20
Грибы 61
Животные нет
Остальные эукариоты 1
Бактерии 3115
Археи 47

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№ PFAM ID Bacillus subtilis
1. PF01177 5

Реально у Bacillus subtilis имеется только 3 белка. MURI2_BACSU и Q6L875_BACSU отличаются только предпоследним остатком, MURI1_BACSU и Q6L876_BACSU отличаюся несколькими аминокислотными остатками на С-конце. По-видимому, различия в этих последовательностях вызваны техническими причинами.

Примеры разных доменных перестроек


Q5LQ34_SILPO [Silicibacter pomeroyi] Aspartate racemase, putative (485 residues)
Asp_Glu_race x 2

Q1Q1B2_9BACT [Candidatus Kuenenia stuttgartiensis] Putative uncharacterized protein (916 residues)
ELFV_dehydrog_N, ELFV_dehydrog, Asp_Glu_race
B8M251_TALSN [Talaromyces stipitatus] Hydantoin racemase (Dcg1), putative (683 residues)
Asp_Glu_race, Abhydrolase_3

Выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена MURI1_BACSU

получается очень громоздким (178 последовательностей) и по этой причине полученный файл не прикреплен.

Описание мотивов в разных БД


1. Самый короткий мотив Asp/Glu_race описан в БД Gene3D, использующей кластеризирующий алгоритм Маркова (Markov clustering algorithm).
2. Самый длинный мотив PTHR21198 описан в БД PANTHER, использующей скрытые марковские модели (Hidden Markov models). В данной базе последовательность не интегрирована и включает все остатки.
3. Структурные надписи: 1zuwA, 1zuwB, 1zuwC - последовательности 3-х идентичных цепей из PDB; 1zuwA01 и 1zuwA02 из БД CATH.
Очевидного соответствия структурных доменов и мотивов не наблюдается.
© В. А. Костырко