SwissProt Главная страница

1. Создание паттернов аминокислотных последовательностей"

Выбран фрагмент множественного выравнивания для создания паттернов: от 11 столбца выравнивания до 27 столбца (от 5 остатка последовательности 1zuw_c до 21 остатка)

Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?

Фрагмент последовательности I-G-V-I-D-S-G-V-G-G-L-T-V-A-K-E-I 27 Только 1 исходная

Сильный [IYV]-[GA]-[VILF]-[IFML]-D-S-G-[VIM]-G-G- [LF]-[TSP]-[VSY]-[ALV]-[KRH]-[EARKQG]-[ILAVM] 127 9 из 11. По-видимому, 11 и 12 последовательности отсутствуют в базе данных

Слабый D-S-G-[IFMLVA]-G-G-[IFMLV]-[TSP]-[VSYLITN]-[ALVIMF]-[KRHSCANDQ] 270 Выборка дает только глутамат рацемазу. PSI-BLAST находит 272 последовательности

Предложенный слабый паттерн характерен практически для всех последовательностей глутаматрацемазы и не находится в других последовательностях.

На рисунках показана трехмерная структура глутаматрацемазы с выделенными связанным субстратом (крупные шарики) и аминокислотными остатками паттерна (мелкие шарики).
При выделении этого участка видно, что аминокислоты паттерна образуют шпильку. Находящиеся на изгибе шпильки Asp10 и Ser11 принимают участие в формировании активного центра. По-видимому, Asp10 фиксирует аминогруппу глутаминовой кислоты, а кислород оксигруппы Ser11 располагается между аминогруппой и кислородом боковой группы и, вероятно, принимает непосредственное участие в катализе. Консервативные глицины обеспечивают изгиб полипептидной цепи.

2. Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке MURI1_BACSU

Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?

PS00923 ASP_GLU_RACEMASE_1 Aspartate and glutamate racemases signature 1 паттерн [IVA] - [LIVM] - x - C - x(0,1) - N - [ST] - [MSA] - [STH] - [LIVFYSTANK] специфичен 1

PS00924 ASP_GLU_RACEMASE_2 Aspartate and glutamate racemases signature 2 паттерн [LIVM](2) - x - [AG] - C - T - [DEH] - [LIVMFY] - [PNGRS] - x - [LIVM] специфичен 1

PS00008 MYRISTYL N-myristoylation site паттерн G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P} неспецифичен 5

PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Protein kinase C phosphorylation site паттерн ST] - x - [RK] неспецифичен 5

PS00007 TYR_PHOSPHO_SITE Tyrosine kinase phosphorylation site паттерн [RK] - x(2) - [DE] - x(3) - Y or [RK] - x(3) - [DE] - x(2) - Y неспецифичен 1

PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Casein kinase II phosphorylation site паттерн [ST] - x(2) - [DE] неспецифичен 5

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	I-G-V-I-D-S-G-V-G-G-L-T-V-A-K-E-I	27	Только 1 исходная
Сильный	[IYV]-[GA]-[VILF]-[IFML]-D-S-G-[VIM]-G-G- [LF]-[TSP]-[VSY]-[ALV]-[KRH]-[EARKQG]-[ILAVM]	127	9 из 11. По-видимому, 11 и 12 последовательности отсутствуют в базе данных
Слабый	D-S-G-[IFMLVA]-G-G-[IFMLV]-[TSP]-[VSYLITN]-[ALVIMF]-[KRHSCANDQ]	270	Выборка дает только глутамат рацемазу. PSI-BLAST находит 272 последовательности

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00923	ASP_GLU_RACEMASE_1	Aspartate and glutamate racemases signature 1	паттерн	`[IVA] - [LIVM] - x - C - x(0,1) - N - [ST] - [MSA] - [STH] - [LIVFYSTANK]`	специфичен	1
PS00924	ASP_GLU_RACEMASE_2	Aspartate and glutamate racemases signature 2	паттерн	`[LIVM](2) - x - [AG] - C - T - [DEH] - [LIVMFY] - [PNGRS] - x - [LIVM]`	специфичен	1
PS00008	MYRISTYL	N-myristoylation site	паттерн	G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P}	неспецифичен	5
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Protein kinase C phosphorylation site	паттерн	ST] - x - [RK]	неспецифичен	5
PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Tyrosine kinase phosphorylation site	паттерн	[RK] - x(2) - [DE] - x(3) - Y or [RK] - x(3) - [DE] - x(2) - Y	неспецифичен	1
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Casein kinase II phosphorylation site	паттерн	[ST] - x(2) - [DE]	неспецифичен	5