SwissProt Главная страница

Доменная структура белка MURI1_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов
Положение в последовательности белка MURI1_BACSU Клан
1. PF01177 Asp_Glu_race Asp/Glu/Hydantoin racemase
Семейство доменов названо по названию родственных ферментов аспартат-, глутамат- и гидантоинрацемаз.		 6-217 Клан Asp-glut_race (CL0399), содержит 2 семейства: Asp-glut_race и AroM, Функция белков семейства AroM неизвестна.

Представленность домена PF01177 в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PF01177.
Эукариоты Зеленые растения 20
Грибы 61
Животные нет
Остальные эукариоты 1
Бактерии 3115
Археи 47

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№ PFAM ID Bacillus subtilis
1. PF01177 5

Реально у Bacillus subtilis имеется только 3 белка. MURI2_BACSU и Q6L875_BACSU отличаются только предпоследним остатком, MURI1_BACSU и Q6L876_BACSU отличаюся несколькими аминокислотными остатками на С-конце. По-видимому, различия в этих последовательностях вызваны техническими причинами.

Примеры разных доменных перестроек


Q5LQ34_SILPO [Silicibacter pomeroyi] Aspartate racemase, putative (485 residues)
Asp_Glu_race x 2

Q1Q1B2_9BACT [Candidatus Kuenenia stuttgartiensis] Putative uncharacterized protein (916 residues)
ELFV_dehydrog_N, ELFV_dehydrog, Asp_Glu_race
B8M251_TALSN [Talaromyces stipitatus] Hydantoin racemase (Dcg1), putative (683 residues)
Asp_Glu_race, Abhydrolase_3

Выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена MURI1_BACSU

получается очень громоздким (178 последовательностей) и по этой причине полученный файл не прикреплен.

Описание мотивов в разных БД


1. Самый короткий мотив Asp/Glu_race описан в БД Gene3D, использующей кластеризирующий алгоритм Маркова (Markov clustering algorithm).
2. Самый длинный мотив PTHR21198 описан в БД PANTHER, использующей скрытые марковские модели (Hidden Markov models). В данной базе последовательность не интегрирована и включает все остатки.
3. Структурные надписи: 1zuwA, 1zuwB, 1zuwC - последовательности 3-х идентичных цепей из PDB; 1zuwA01 и 1zuwA02 из БД CATH.
Очевидного соответствия структурных доменов и мотивов не наблюдается.
© В. А. Костырко