Краткое описание генома бактерии Pedobacter saltans DSM 12145

Pedobacter saltans DSM 12145 — грамотрицательная эубактерия, обитающая в почве [1]. Является продуцентом гепариназы — фермента, расщепляющего антикоагулянт гепарин, что используется в структурных исследованиях гепарина [2][3]. Выделен из почвы в Исландии в 1990 году. Расшифрованный геном опубликован в 2011 году [1]. Размер генома составляет 4635240 п.н., геном состоит из 3873 генов, из них 3777 кодируют белки, 51 - тРНК, 12 - рибосомные РНК, 2 - другие РНК и 31 - псевдогены [4].

Рисунок 1. Изображение Pedobacter saltans DSM 12145 со сканирующего электронного микроскопа [5].

Histogram of protein lengths in Pedobacter saltans DSM 12145 chromosome, complete genome - 1..4635236

Как можно увидеть из таблицы, большая часть белков Pedobacter saltans - короткие белки длиной не больше 300 аминокислотных остатков. Больше всего белков с длиной от 101 до 200. Для белков с длиной от 1 до 100 наблюдается резкий провал числа белков.

Список источников

1. Pedobacter saltans DSM 12145, complete genome
2. Steyn PL, Segers P, Vancanneyt M, Sandra P, Kersters K, Joubert JJ., Classification of heparinolytic bacteria into a new genus, Pedobacter, comprising four species: Pedobacter heparinus comb. nov., Pedobacter piscium comb. nov., Pedobacter africanus sp. nov. and Pedobacter saltans sp. nov. proposal of the family Sphingobacteriaceae fam. nov., Int J Syst Bacteriol., Pt 1:165-77., 1998
3. https://en.wikipedia.org/wiki/Heparin#Depolymerisation_techniques
4. Genome Assembly and Annotation report Pseudopedobacter saltans DSM 12145
5. Konstantinos Liolios, Johannes Sikorski, Meagan Lu, Complete genome sequence of the gliding, heparinolytic Pedobacter saltans type strain (113T), Stand Genomic Sci., 5(1): 30–40., 2011