Задание 1a
Рис.1. Выравнивание с отмеченными на нем вертикальными блоками
Задание 1b
Рис.2. Часть выравнивания с отмеченными на нем блоками
Если сравнить выравнивание всех последовательностей и выбранных, то можно заметить резкий рост числа консервативных колонок, так, в выравнивании всех последовательностей в позициях 1-17 есть только одна функционально консервативная колонка, в то время как в выравнивании части последовательностей есть уже 7 абсолютно консервативных и 2 функционально консервативные колонки.
Задание 2a
Был взят блок 67-76. Абсолютно консервативных колонок в нем 4 (40%), абсолютно функционально консервативных 7 (70%)
Задание 2b
Рис.3. Выравнивание с отмеченным наиболее длинным участком вне блока
Самый длинный участок, не входящий в блоки (88-113) содержит всего 1 гэп, что в процентном исчислении составляет 4%.
Задание 4
Последовательность консенсуса блока 67-76
| >Consensus/1-10 Percentage Identity Consensus PISGEVVEVN |
Рис.4. LOGO блока 67-76
Задание 5
Паттерн блока 67-76
| P-[ILV]-[AS]-G-[AET]-[IV]-[LV]-E-x-N |
Задание 6
Рис.5. Изображение выравнивания с негомологичной последовательностью
Во всем полученном выравнивании есть 4 абсолютно консервативные позиции, 11 функционально консервативных и один вертикальный блок (79-83).
Задание 7
Рис.6. Изображение выравнивания негомологичных последовательностей
В данном выравнивании не было найдено вертикальных блоков, абсолютно консервативных колонок 2 экземпляра, функционально консервативных колонок - 10, доля гэпов во всем выравнивании 72.66% (683 из 940 позиций). Таким образом, здесь явно видно отсутствие гомологичности.
Указания по окнам в проекте