Так как в поиске "по умолчанию" в выдаче находилось слишком много результатов, рамки поиска были сильно сужены: поиск проходил только в роде (Pseudo)pedobacter. Всего найденных последовательностей - 68, из них с Query cover > 80% - 45. В принципе, гомологичными можно считать и белки с Query cover > 65%, так как все эти белки принадлежат одному роду, выполняют схожие функции (гликозидазы) и имеют E-value << 0.001. Также в качестве лучшего выравнивания был взят не первый результат, а следующий после него, так как первый результат был выравниванием последовательности с ней же.
Таблица 1. Параметры найденных белков
| Организм | Белок | Длина выравнивания | Bit score | Процент совпавших остатков | Процент схожих остатков | E-value | Выравнивание |
| Pedobacter arcticus | alpha-glucosidase | 716 | 1146 bits(2964) | 75% | 86% | 0.0 | Лучшее |
| Pedobacter antarcticus | alpha-xylosidase | 539 | 131 bits(330) | 24% | 42% | 3e-31 | Случайное |
| Pedobacter sp. Leaf176 | 9-O-acetylesterase | 40 | 31.2 bits(69) | 35% | 60% | 7.1 | Худшее |
Указания к проекту
Задание 4
Есть участок, который целиком содержат все выравнивания, но присутствуют небольшие отличия в дальных от центрального места.
Рис. 1. Сравнение участков выравниваний, построенных muscle (сверху) и needle (снизу).
Ссылка на проект выравнивания произвольных последовательностей
Как в предыдущем случае, глобальное выравнивание (построенное needle) почти целиком содержит в себе локальное (построенное water), за исключением небольшого С-концевого участка.