Задание 1
Таблица 1. Выдача Uniprot по PDB ID 4XPO*
| Uniprot ID | A0A0F7R6D6_9SPHI |
| Uniprot AC | A0A0F7R6D6 |
| SubName | Alpha-galactosidase |
| RefSeq ID | (не найдено в результатах поиска) |
| PDB ID | 4XPO, 4XPP, 4XPQ, 4XPR, 4XPS |
| Protein length (aa) | 719 |
| Protein weight (Da) | 81519 |
* - по выданному RefSeq ID ничего не найдено
Задание 2
Таблица 2. Описание кластеров UniProt
| Кластер | ID кластера | Число белков в кластере | Примечание |
| UniRef100 | UniRef100_A0A0F7R6D6 | 1 | Содержит только сам исходный белок |
| UniRef90 | UniRef90_F0S4X2 | 2 | Содержит сам белок и гомолог от той же бактерии |
| UniRef50 | UniRef50_A0A0B8XV22 | 81 | Белки в данном кластере, в основном, можно разделить на две группы - ABC-транспортеры и гидролазы различных видов - глюкозидазы, ксилозидазы и глюкозил-гидролазы, последние - из семейства 31 |
Задание 3
Таблица 3. Запросы к UniProt
| Текст запроса | Число белков | Из них в Swiss-Prot | Примечание |
| name:"alpha galactosidase" | 9699 | 90 | Значительное число белков во множестве таксонов |
| name:"alpha galactosidase" taxonomy:"Sphingobacteriaceae [84566]" | 65 | 0 | --- |
| name:"alpha galactosidase" taxonomy:"Bacteroidetes [976]" | 1023 | 10 | --- |
| name:histone | 87840 | 2045 | --- |
| name:histone taxonomy:arthropoda | 21016 | 137 | Максимальное число гистонов описано у Drosophila melanogaster |
| name:histone taxonomy:"Fungi [4751]" | 16600 | 503 | Максимальное число гистонов описано у дрожжей (Yeast) |
| name:trypsin | 11309 | 308 | --- |
| name:trypsin "trypsin inhibitor" | 2468 | 197 | --- |
Задание 4
Выполнено быть не может, так как поиск по базе данных RefSeq не дает результатов.
Задание 5
В истории изменений моего белка присутствует 7 версий. В первой версии, от 22 июля 2015 года, белок указан как "Predicted", многие разделы отсутствуют. В версиях 2-3 белок имеет статус "Inferred from homology", начиная с четвертой - "Evidence at protein level". С четвертой версии присутствуют номера PDB-моделей, а также номера, судя по всему, других баз данных. После четвертой версии изменения не имеют принципиального характера. Дата последней версии - 13 апреля 2016 года.
Задание 6
Метилирование, ацетилирование и фосфорилирование отмечаются как MOD_RES в разделе FT, наличие ионов металла как METAL в том же отделе, гликозилирование - CARBOHYD в разделе FT. Дисульфидные связи - DISULFID в разделе FT. Альтернативный сплайсинг - VAR_SEQ, варианты аминокислот в позиции - VARIANT A1 -> A2, где A1, A2 - варианты аминокислоты. Селеноцистеин обозначается U, пирролизин - O.