Продолжение
Определение ядра
Старт визуализации гидрофобного ядра
Старт визуализации окружения аминокислоты
Старт визуализации контакта ДНК-белок
Старт визуализации контакта ДНК-белок(дополнительное)
Задание 1. В гидрофобное ядро входит 1443 атомов, что составляет 27.05% от общего числа атомов в белке (5335). Присутствуют множественные выходы гидрофобного ядра на поверхность. Гидрофобное ядро не является непрерывным и состоит из множества участков, разделенных остатками, не входящих в состав ядра.
Задание 2. Атомы, почти целиком закрывающие остаток (PHE102:A), находятся на расстоянии не более 5.0Å, на расстоянии менее 1.0Å не находится ни одного атома. Характерное расстояние между атомами от 5 до 6Å, так как в шаровом слое между этими расстояниями наибольшая плотность атомов. Так ван-дер-Ваальсов радиус кислорода 1.4Å, то его диаметр 2.8Å, что почти вдвое меньше характерного расстояния, что при учете того, что присутствуют также атомы водорода, приводит к тому, что вода может находиться в белке только в местах, предусмотренных его структорой, но не может спонтанно проникать между цепями белков.
Задание 3. Первое изображение - изображение контактирующей с ДНК цепи белка в модели cartoons, на втором - белок показан в модели backbone, ДНК - spacefill, боковые цепи белка, контактирующие с ДНК (расстояние менее 5.0Å) изображены в модели wireframe. Можно заметить, что большая часть взаимодействующих аминокислотных остатков расположена в бета-тяжах.
Взаимодействие белка с ДНК может происходить в рамках множества процессов, самые частые из которых это сохранение структуры ядра (гистоны), транскрипция и репликация ДНК (различные полимеразы, а также факторы транскрипции). Данный в задании белок - эндонуклеаза, осуществляющая двуцепочечный разрыв. Также взаимодействие белков с ДНК может происходить при метилировании и репарации ДНК.
Задание 4a. Желтым изображены остатки, чьи атомы находятся на требущемся расстоянии от углеводно-фосфатного основания, голубым - от большой бороздки, фиолетовым - от малой бороздки. Как можно увидеть, к первому типу принадлежат почти все контактирующие остатки, ко второму - значительно меньше, а с малой бороздкой контактирует лишь несколько аминокислот, что понятно, учитывая долю поверхности каждой части.
Задание 4b. Узнать последовательность ДНК по последовательности доноров и акцепторов нельзя, так как на большую бороздку с каждой стороны проступает только по одному атому, в то же время как нуклеотиды отличаются с этом плане разве что количеством донорных и акцепторных атомов, но именно количество в большой бороздке остается одинаковым вне зависимости от нуклеотидов.
Задание 5. Данная реакция является реакцией бимолекулярного нуклеофильного замещения, где в роли нуклеофила выступает кислород тирозина, с образованием интермедиата.