Задание 2
Была рассмотрена B-форма ДНК и аденин в его составе. Прилагается рисунок с отмеченными атомами, прилегающими к большой бороздке (красным цветом) и к малой бороздке (синим цветом). Соответственно, к большой бороздке прилегают атомы N6, N7, C8, к малой - C2 и N3. Остальные атомы проходят примерно между этими двумя группами. Примечательно также то, что в A-форме атомы направлены идентично.
Таблица 1. Сравнение характеристик различных форм ДНК
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.75 | 43.50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки(для аденина)(A) | 7.98 | 11.69 | 7.20* |
| Ширина малой бороздки(для аденина)(A) | 16.81 | 17.76 | 28.07* |
*Для гуанина
Таблица 2. Торсионные углы в различных формах ДНК
| Форма | alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi |
| A-форма (аденин) | -51.7(62) | 174.8(173) | 41.7(52) | 79.1(88/3) | -147.8(178) | -75.1(50) | -157.3(-160) |
| B-форма (аденин) | -29.9(63) | 136.3(171) | 31.2(54) | 143.3(123/131) | -140.8(155) | -160.5(-50) | -98.0(-117) |
| Z-форма (гуанин) | 51.9 | 179 | -173.8 | 94.9 | -103.6 | -64.8 | 58.7 |
| Z-форма (цитозин) | -139.5 | -136.8 | 50.9 | 137.6 | -96.5 | 82 | -154.3 |
Задание 3
Таблица 3. Торсионные углы в заданных НК
| alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi | |
| Торсионные углы в ДНК 1odh | |||||||
| Средние значения | -26 | 30.2 | 26.6 | 141.9 | -39.9 | -100.2 | -109.8 |
| Максимально отклоняющийся нуклеотид (G2, strand I) | 158.4 | -158.8 | 169 | 139.5 | -155.5 | -144.4 | -122.7 |
| Торсионные углы в тРНК 1il2 | |||||||
| Средние значения | -50.7 | 60.8 | 48.4 | 86.3 | -145 | -66.4 | -152.6 |
| Максимально отклоняющийся нуклеотид (G17, strand II) | 150.7 | -177.7 | -174.5 | 86.5 | -123.4 | -82 | 177.1 |
Таблица 4. Стебли в тРНК 1il2
| Номер стебля | Номера нуклеотидов первой цепи | Номера нуклеотидов второй цепи |
| 1 | 901-907 | 972-966 |
| 2 | 949-953 | 965-961 |
| 3 | 938-944 | 932-926 |
| 4 | 910-913 | 925-922 |
Примечание: так как в исходном файле были две единицы тРНК, в таблице представлены данные только по одной.
В структуре были найдены следующие неканонические пары нуклеотидов: UG, PG, CP, AG, где P - псевдоуридин. Также было найдено 7 пар оснований, не включенных в стебли и дополнительно стабилизирующие структуру.
Были найдены последовательные пары нуклеотидов с максимальной и минимальной площадью перекрываний, соответственно 16(GU/CC)(14.49 A^2) и 14(PC/PG)(0.0 A^2).
Рис. 1. Изображение наименее перекрывающихся пар нуклеотидов(PC/PG), получено stack2img
Рис. 2. Изображение наименее перекрывающихся пар нуклеотидов(PC/PG), получено Jmol
Рис. 3. Изображение наиболее перекрывающихся пар нуклеотидов(GU/CC), получено stack2img
Рис. 4. Изображение наиболее перекрывающихся пар нуклеотидов(GU/CC), получено Jmol