Задание 1
Таблица 1.Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1il2.pdb
| Участок структуры | Позиции в структуре по результатам find_pair | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5'-901-907-3' 5'-966-972-3' |
N/A | 7 пар из 7 предсказаны + 1 лишняя |
| D-стебель | 5'-910-913-3' 5'-922-925-3' |
N/A | N/A |
| T-стебель | 5'-949-953-3' 5'-961-965-3' |
Единственный стебель, предсказанный einverted, 5 пар из 5 | 4 пары из 5 предсказано |
| Антикодоновый стебель | 5'-938-944-3' 5'-926-932-3' |
N/A | 11 пар, из-за смещения в связи с отсутствием D-стебля не совпадают с данными find_pair |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 17 | 5 | 19 |
Рис. 1. Изображение вторичной структуры тРНК, полученной с помощью алгоритма Зукера
Задание 2
1)Старт
2)Продолжение
Таблица 2. ДНК-белковые контакты в 1odh.pdb
| Контакты атомов белка с | полярные | неполярные | всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 2 | 9 | 11 |
| остатками фосфорной кислоты | 12 | 8 | 20 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 4 | 5 | 9 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Можно заметить, что количество неполярных контактов больше, но сделать какой-либо не представляется возможным, так как различие слишком мало. Также отсутствуют контакты со стороны малой бороздки, что может быть связано с тем, что малая бороздка глубже, чем большая.
Рис.2. Изображение ДНК-белковых контактов в файле 1odh.pdb
Как можно увидеть по изображению, больше всего контактов у Lys74 и Asn65 (по два контакта). Наиболее важным из них для опознания представляется Asn65, так как он контактирует сразу с двумя азотными основаниями на разных цепях.
Рис.3. Изображение контакта Lys74 с ДНК. Выделены контактирующие фосфаты.
Рис.3. Изображение контакта Asn65 с ДНК. Выделены контактирующие основания.