Clostridium botulinum - анаэробная грамположительная почвенная бактерия. Особенно примечательна тем, что продуцирует самый мощный белковый токсин (поэтому и был выбран).
Таблица 1. Характеристика генома Clostridium botulinum
| Число сборок генома | 164 |
| Число образцов | 7 |
| BIOSAMPLE ID | SAMN03876601 |
| Описание образца | Образец был собран LaboCEA во Франции, департаменте Дром, по координатам 44.43 N 5.13 E, в 2008 году. Штамм выделен из индейки, на птицеферме. Номер штамма: 55731-CD, генотип C/D, серотип группы III. |
| BIOPROJECT ID | PRJNA290143 |
| Описание проекта | Проект преследует цель секвенирования геномов штаммов Clostridium botulinum Group III на территории Франции |
| Число скэффолдов | 103 |
| Самый длинный скэффолдов | 151359 |
| Самый короткий скэффолд | 1046 |
| N50 | 57521 |
| L50 | 17 |
Ссылка на последовательность скэффолда
Таблица 2. Описание ключей
| Ключ | Описание |
| C_region | Неизменные регионы легких и тяжелых цепей антител, а также альфа, бета и гамма цепей рецепторов Т-клеток. |
| D-loop | "Петля смещения", регион митохондриальной ДНК, где короткая цепь РНК спарена с одной цепью ДНК, замещая ДНК в данном месте. Также используется для описания замещения региона в спаренной ДНК одноцепочечной в реакции, катализируемой RecA. |
| D_segment | Изменчивые регионы цепей антител и рецепторов Т-клеток. |
| mat_peptide | Зрелый пептид или белок-кодирующая последовательность или же белковая последовательность после посттрансляционных модификаций, локализация не включает стоп-кодон, в отличие от аналогичного CDS. |
| misc_binding | Связывающий сайт нуклеиновых кислоты, который не может быть описан иными ключами связывания, такими как primer_bind или protein_bind. |
| mobile_element | Регион генома, содержащий мобильные элементы |
| ncRNA | Белок-некодирующий ген, отличный от рибосомальной или транспортной РНК. |
| polyA_site | Сайт РНК, который в результате посттранскрипционной модификации дополняется остатками аденина. |
| prim_transcript | Первичный транскрипт, может включать в себя некодирующую, рибосомальную, транспортную РНК, 5'- и 3'-нетранслируемые регионы. |
| tmRNA | Транспортная матричная РНК, тмРНК вначале используется как тРНК, затем как мРНК, кодирующую белковую метку, которая после трансляции добавляется к С-концу пептидов. Метка затем используется в процессах протеолиза. |
Таблица 3. Описание геномного проекта
| Название | Neanderthal Genome Project |
| Цель проекта | Секвенирование генома неандертальца, полученного из ископаемых образцов. Сравнение полученных последовательностей с геномом Homo Sapiens, а также с геномами других видов рода Homo. |
| Год начала | 2006 год - предложена идея, 2010 год - начало секвенирования |
| Домашняя страница | http://www.eva.mpg.de/neandertal/index.html |
| Осуществляющие организации | Институт эволюционной антропологии имени Макса Планка , 454 Life Sciences |
| Страна | Германия, США |
| Планируемое число геномов | 6 образцов от 5 особей |
| Сколько секвенировано геномов | 1 образец секвенирован максимально, прочие образцы использовались как материал для сравнения |
| Год завершения | 2013(см. ссылка) |
Ссылка на последнюю статью в рамках проекта
Поиск митохондриального генома
В качестве таксона были даны Alveolata. Итоговый запрос имеет следующий вид:
"Alveolata"[Organism] AND ("complete mitochondrial genome"[All Fields] OR "complete mitochondrial sequence"[All Fields]) NOT "UNVERIFIED"[All Fields]
Неподтвержденные геномы были отсечены, чтобы собрать только достоверные результаты. Итого в результатах запроса было 33 результата, из них 30 из GenBank и 3 из RefSeq.
Из всех результатов был выбран Plasmodium falciparum complete mitochondrial genome, clone 7G8
Рис.1. Изображение Plasmodium falciparum
Ссылка на таблицу митохондриальных генов Plasmodium falciparum
Таблица 4. Cопоставление размеров геномов
| Размер(b.p.) | Вироиды | Вирусы(бактериофаги) | Бактерии(археи) | Эукариоты |
| Минимальный | 246 | 1759(3569) | ~143795(~490885) | 2288110 |
| Максимальный | 467 | 2473870(168903) | 13033779(5751492) | 670000000000 |
| Типичный | ~350 | ~39500 | ~4000000(~2000000) | ~1000000000 |