Поиск в базе данных OPM
Для работы был выдан белок 4WIS_B, он же TMEM16 липидная скрамблаза. Скрамблазы - ферменты, осуществляющие транспорт фосфолипидов через клеточную мембрану. Скрамблаза относится к кальций-зависимым каналам. Также был найден белок, содержщий внутри толщи мембраны только бета-тяжи, это 7AHL, он же альфа-гемолизин - токсин золотистого стафилококка, разрушающий эритроциты путем образования пор в мембране.
Рис.1. Изображение структуры и расположения в мембране белка 4WIS
Рис.2. Изображение структуры и расположения в мембране белка 7AHL
Таблица 1. Информация о трансмембранных белках
| Белок | Толщина гидрофобной части мембраны | Координаты трансмембранных спиралей (указано для одной субъединицы) | Среднее количество погруженных остатков | Где находится |
| 4WIS | 29.8Å | 1(195-211), 2(218-233), 3(285-314), 4(325-354), 5(371-395), 6(430-456), 7(505-519), 8(523-535), 9(561-584), 10(600-621) | 22 | Эукариотическая плазматическая мембрана |
| 7AHL | 23.5Å | 1(119-126), 2(132-140) | 9 | Секретируемый бактерией, действует в плазматической мембране эукариот |
Анализ предсказаний трансмембранных спиралей
Текстовые результаты работы алгоритмов: TMHMM, Prohibus.
Рис.3. Графическое представление результатов работы TMHMM. По горизонтальной оси показаны номера остатков, по вертикальной - вероятность их оказаться снаружи (фиолетовая линия), внутри (синяя линия) клетки или быть трансмембранным доменом (площадь закрашена красным).
Рис.4. Графическое представление результатов работы Prohibus. По горизонтальной оси показаны номера остатков, по вертикальной - вероятность их оказаться снаружи (синяя линия), внутри (зеленая линия) клетки или быть трансмембранным доменом (площадь закрашена серым). Красным указана вероятность быть сигнальным пептидом.
Главное различие состоит в том, что оба алгоритма предсказали по 8 трансмембранных спиралей, в то время как их 10. Так, TMHMM практически проигнорировал трансмембранную спираль 1, а также частично соединил 7 и 8 спираль. Prohibus же не предсказал спираль 6 и соединил спирали 7 и 8. Также присутствуют небольшие отличия в координатах предсказанных расположений спиралей (+-5 аминокислот).
Поиск в БД TCBD
Код белка 4WIS: 1.A.17.1.18, что означает: Канал; Канал, содержащий альфа-спирали; Кальций-зависимый хлоридный канал; Кальций-зависимая скрамблаза (последние 2 числа).
Код белка 4AHL: 1.C.3.1.1, что означает: Канал; Пороформирующий токсин; канал-формирующие токсины семейства альфа-гемолизин; альфа-гемолизин золотистого стафилококка (последние два числа).