Сведения о структуре
Для работы была выбрана структура 5A77, представляющая из себя комплекс самонаводящейся эндонуклеазы (homing endonuclease) I-CvuI c ДНК, являющейся целевой для гомологичной эндонуклеазы I-CreI. В двуцепочечную ДНК внесен разрыв.
Для данной структуры проверено наличие карты электронной плотности, а также, с помощью сервиса PDBeFold удостоверились, что существует не менее 5 схожих структур с RMSD от 0.8 до 3Å и N_align от 50% до 90% от числа аминокислотных остатков 5a77.
Визуализация электронной плотности остова полипептидной цепи
Рис. 1. Визуализация поверхности электронной плотности остова полипепдитной цепи уровня 0.5 σ
Рис. 2. Визуализация поверхности электронной плотности остова полипепдитной цепи уровня 1 σ
Рис. 3. Визуализация поверхности электронной плотности остова полипепдитной цепи уровня 2 σ
Рис. 4. Визуализация поверхности электронной плотности остова полипепдитной цепи уровня 3 σ
Как можно видеть, поверхности электронной плотности не покрывают остов целиком уже начиная с 1 σ, что является в принципе объяснимым исходя из самого принципа построения - чем больше отклонение от среднего, тем реже должна встречаться такая электронная плотность.
Визуализация электронной плотности отдельных остатков
Рис. 5. Визуализация поверхностей электронной плотности остатка A/ARG/43 уровней 1 σ (красный), 2 σ (синий), 3 σ (белый)
Рис. 6. Визуализация поверхностей электронной плотности остатка A/ILE/30 уровней 1 σ (красный), 2 σ (синий), 3 σ (белый)
Рис. 7. Визуализация поверхностей электронной плотности остатка A/TRP/15 уровней 1 σ (красный), 2 σ (синий), 3 σ (белый)
Можно видеть, что все три остатка хорошо вписываются в электронную плотность и их положение, вероятнее всего, определено без ошибок.