Сведения о кристалле 5A77
Восстановление кристалла
Рис. 1. Кристалл, восстановленного по структуре 5a77
Кристалл был восстановлен с помощью команды symexp.
Изображение зоны контактов
Рис. 2. Изображение предполагаемых зон контакта комплекса белка и ДНК с соседними комплексами (выделены синим)
Попытка определить водородные связи с помощью команды интерфейса action->find->polar contacts успехом не увенчалась, поэтому были найдены просто ближайшие (<=3.5Å) к другим комплексам остатки и нуклеотиды (белковый димер содержит на себе таких 11 зон, 4 есть на ДНК) . Скорее всего, у этих зон контакта нет никакой биологической роли, так как биологической функциональностью обладает именно димер, и он взаимодействует с геномной ДНК и маловероятно сосредоточение в одном месте множества целей данной эндонуклеазы, которое бы позволило нескольким димерам контактировать друг с другом.
Особенности расположения белка в структуре 3HDD комплекса
В этом комплексе одна из белковых цепей находится на краю двуцепочечной ДНК, как будто очень слабо с ней контактируя.
Рис. 3. Структура 3HDD
Если восстановить еще один комплекс, видно, что аномально ведущая себя цепь белка на самом деле контактирует со следующей цепью ДНК.
Рис. 4. Продленная структура 3HDD
Примеры структур с несопадающими асимметричной и биологической ячейкой
Рис. 5. Изображение асимметричной ячейки структуры 5ZC1
Рис. 6. Изображение биологической единицы структуры 5ZC1
5ZC1 - структура CsStefin-1, ингибитора цистеиновых протеаз из гельминта - китайской двуустки. В данном случае биологическая единица меньше асимметричной ячейки, которая представлена гексамером.
Рис. 7. Изображение асимметричной ячейки структуры 6Q8E
Рис. 8. Изображение биологической единицы структуры 6Q8E
6Q8E - структура аминотрансферазы разветвленных аминокислот из бактерии Thermobaculum terrenum. В этом случае ситуация обратная - биологическая единица является гексамером асимметричной ячейки.