Occupancy<1
Для нахождения атомов с Occupancy<1 был проведен поиск среди структур с разрешением <1Å и найдена структура 6CNW, в которой присутствуют цистеины с Occupancy<1
Рис. 1. Пример атомов остатка цистеина с Occupancy<1 в структуре 6CNW
Missing residues
Для поиска структур с пропущенными остатками был проведен поиск среди структур с разрешением >3Å и найдена структура 6N60, в которой присутствуют остатки, чье расположение не установлено в ходе РСА
Рис. 2. Фрагмент списка пропущенных остатков в структуре 6N60
Wild type protein != Crystallized protein
Для того, чтобы найти структуру, в которой есть отличия нативного белка от кристаллизуемого, в продвинутом поиске была использована опция Wild type protein с опциями Include Expression Tags=Yes и Percent coverage of UniProt sequence=Any. Найдена структура 6CQA, при выделении белка использовался гистидиновый тэг.
Рис. 3. Гистидиновый тэг в PDB-файле структуры 6CQA
Температурный B-фактор
Для нахождения минимального и максимального температурного B-фактора в основной структуре этой серии практикумов 5A77 были извлечены утилитой grep все строки ATOM и отсортированы по возрастанию/убыванию
Рис. 4. Атомы с минимальным и максимальным B-фактором в структуре 5A77 (указан в предпоследней колонке)