Вторичная структура для определения взята из предыдущих практикумов - 6Q8E, сервис для разметки вторичной структуры - Stride. Результаты разметки по Stride представлены здесь. Было выбрано 4 элемента вторичной структуры и выполнено сравнение разметок. Результаты представлены ниже.
Таблица 1. Сравнение 4 элементов вторичной структуры по PDB и сервису разметки вторичной структуры Stride
| # | Тип элемента вторичной структуры | Положение в файле PDB | Положение по данным разметки Stride |
| 1 | Alpha helix | 57-73 | 58-72 |
| 2 | Alpha helix | 79-95 | 80-94 |
| 3 | Beta sheet | 42-47, 52-56, 306-310 | 42-47, 52-56, 306-310 |
| 4 | Beta sheet | 100-109, 121-130 | 100-109, 121-130 |
Рис. 1. Изображение элементов вторичной структуры, размеченных согласно информации из файла PDB. По обозначениям из таблицы, 1 - фиолетовый, 2 - голубой, 3 - синий, 4 - красный.
Рис. 2. Изображение элементов вторичной структуры, размеченных согласно сервису разметки вторичной структуры Stride. По обозначениям из таблицы, 1 - фиолетовый, 2 - голубой, 3 - синий, 4 - красный.
Можно видеть, что бета-листы совпадают целиком, у альфа-спиралей не совпадают краевые аминокислоты, которых Stride обозначил как turn (57 остаток), или coil (все остальные несовпадающие остатки).
Также Stride определяет часть белка, как 3-10 спираль (300-305 остатки), в то время как PDB определяет 299-304 остатки как альфа-спираль.
Рис. 3. Красным выделен крупнейший участок, который Stride определяет как 3-10-спираль