PDBeFold v2.59. (src3) 14 Apr 2014 result file. RESULTS OF MULTIPLE ALIGNMENT SUMMARY Consensus scores ## Structure Nres Nsse RMSD Q-score 1 PDB 5a77:A ..................... 157 10 0.8613 0.7355 2 PDB 5gkk:A ..................... 147 10 1.5265 0.6755 3 PDB 2o7m:A ..................... 153 10 0.9284 0.7456 4 PDB 2i3q:A ..................... 152 9 0.5874 0.7920 5 PDB 1t9j:A ..................... 151 9 0.5857 0.7974 Number of aligned residues 125 Number of aligned SSEs 7 Overall RMSD 1.5202 Overall Q-score 0.5387 SECONDARY STRUCTURE ALIGNMENT PDB 5a77:A ........... HSSHSSHhhh PDB 5gkk:A ........... HSSHSSHhhh PDB 2o7m:A ........... HSSHSSHhhh PDB 2i3q:A ........... HSSHSSHhh- PDB 1t9j:A ........... HSSHSSHhh- SECONDARY STRUCTURES DETAILS PDB 5a77:A ...... |H|A:ASN 6 /ASP 23 | ==> |S|A:GLY 24 /SER 32 | ==> PDB 5gkk:A ...... |H|A:LYS 4 /GLU 15 | ==> |S|A:GLY 16 /ARG 24 | ==> PDB 2o7m:A ...... |H|A:ASN 6 /ASP 20 | ==> |S|A:GLY 21 /PRO 29 | ==> PDB 2i3q:A ...... |H|A:ASN 6 /ASP 20 | ==> |S|A:GLY 21 /PRO 29 | ==> PDB 1t9j:A ...... |H|A:ASN 6 /ASP 20 | ==> |S|A:GLY 21 /PRO 29 | ==> PDB 5a77:A ...... |S|A:TYR 40 /SER 51 | ==> |H|A:HIS 55 /GLY 66 | ==> PDB 5gkk:A ...... |S|A:TYR 32 /HIS 43 | ==> |H|A:ASP 46 /GLY 58 | ==> PDB 2o7m:A ...... |S|A:HIS 37 /LYS 48 | ==> |H|A:ARG 51 /GLY 63 | ==> PDB 2i3q:A ...... |S|A:HIS 37 /LYS 48 | ==> |H|A:ARG 51 /GLY 63 | ==> PDB 1t9j:A ...... |S|A:HIS 37 /LYS 48 | ==> |H|A:ARG 51 /GLY 63 | ==> PDB 5a77:A ...... |S|A:THR 69 /LYS 72 | ==> |S|A:MET 77 /VAL 83 | ==> PDB 5gkk:A ...... |S|A:VAL 61 /LYS 64 | ==> |S|A:ARG 69 /ILE 74 | ==> PDB 2o7m:A ...... |S|A:TYR 66 /ASP 69 | ==> |S|A:VAL 73 /LEU 78 | ==> PDB 2i3q:A ...... |S|A:TYR 66 /ASP 69 | ==> |S|A:VAL 73 /LEU 78 | ==> PDB 1t9j:A ...... |S|A:TYR 66 /ASP 69 | ==> |S|A:VAL 73 /LEU 78 | ==> PDB 5a77:A ...... |H|A:GLY 84 /LEU 96 | ==> |h|a:lys 102 /leu 116 | ==> PDB 5gkk:A ...... |H|A:LYS 76 /HIS 90 | ==> |h|a:lys 95 /arg 112 | ==> PDB 2o7m:A ...... |H|A:GLU 80 /GLN 92 | ==> |h|a:lys 98 /lys 116 | ==> PDB 2i3q:A ...... |H|A:GLU 80 /GLN 92 | ==> |h|a:lys 98 /asn 136 | ==> PDB 1t9j:A ...... |H|A:GLU 80 /GLN 92 | ==> |h|a:lys 98 /asn 136 | ==> PDB 5a77:A ...... |h|a:asp 121 /leu 137 | ==> |h|a:leu 147 /leu 158 | PDB 5gkk:A ...... |h|a:thr 117 /glu 130 | ==> |h|a:asn 135 /arg 147 | PDB 2o7m:A ...... |h|a:ser 118 /asn 136 | ==> |h|a:thr 143 /ser 154 | PDB 2i3q:A ...... |h|a:thr 144 /ala 150 | ==> PDB 1t9j:A ...... |h|a:thr 144 /asp 153 | ==> CROSS-STRUCTURE STATISTICS << RMSD >> Structure 1 2 3 4 5 ------------------------+-------+-------+-------+-------+------- 1. PDB 5a77:A ...... 1.979 1.437 1.082 1.086 2. PDB 5gkk:A ...... 1.979 2.115 1.991 1.980 3. PDB 2o7m:A ...... 1.437 2.115 1.088 1.099 4. PDB 2i3q:A ...... 1.082 1.991 1.088 0.176 5. PDB 1t9j:A ...... 1.086 1.980 1.099 0.176 << Q-score >> Structure 1 2 3 4 5 ------------------------+-------+-------+-------+-------+------- 1. PDB 5a77:A ...... 0.472 0.529 0.579 0.583 2. PDB 5gkk:A ...... 0.472 0.464 0.485 0.490 3. PDB 2o7m:A ...... 0.529 0.464 0.594 0.596 4. PDB 2i3q:A ...... 0.579 0.485 0.594 0.678 5. PDB 1t9j:A ...... 0.583 0.490 0.596 0.678 << Sequence Identity >> Structure 1 2 3 4 5 ------------------------+-------+-------+-------+-------+------- 1. PDB 5a77:A ...... 0.256 0.352 0.360 0.352 2. PDB 5gkk:A ...... 0.256 0.176 0.176 0.168 3. PDB 2o7m:A ...... 0.352 0.176 0.976 0.984 4. PDB 2i3q:A ...... 0.360 0.176 0.976 0.976 5. PDB 1t9j:A ...... 0.352 0.168 0.984 0.976 ROTATION-TRANSLATION MATRICES OF BEST SUPERPOSITION | -0.77990 -0.11802 0.61468 | | x | | -2.78689 | PDB 5a77:A ...... | -0.05612 0.99129 0.11912 | * | y | + | 71.10289 | | -0.62339 0.05841 -0.77973 | | z | | 8.29061 | | -0.98962 0.10700 0.09593 | | x | | 30.19550 | PDB 5gkk:A ...... | -0.03750 0.45217 -0.89114 | * | y | + | 43.22173 | | -0.13873 -0.88549 -0.44346 | | z | | 31.22640 | | 0.05042 -0.99089 -0.12488 | | x | | 26.81621 | PDB 2o7m:A ...... | 0.29874 -0.10435 0.94861 | * | y | + | -50.48293 | | -0.95300 -0.08514 0.29076 | | z | | 29.33693 | | 0.99998 0.00443 0.00379 | | x | | -21.79400 | PDB 2i3q:A ...... | -0.00441 0.99997 -0.00561 | * | y | + | 0.18286 | | -0.00381 0.00560 0.99998 | | z | | -0.08610 | | 0.99999 -0.00013 0.00362 | | x | | -0.08627 | PDB 1t9j:A ...... | 0.00013 1.00000 -0.00232 | * | y | + | 0.05945 | | -0.00362 0.00232 0.99999 | | z | | -0.10161 | 3D ALIGNMENT OF BACKBONE ATOMS -----+------------+-+------------+-+------------+-+------------+-+------------+ ## | 5a77 | | 5gkk | | 2o7m | | 2i3q | | 1t9j | -----+------------+-+------------+-+------------+-+------------+-+------------+ 1 | | | | | |a:asn 2 | | |a:asn 2 | | | 2 |h|a:asn 6 | | | | |a:thr 3 | | |a:thr 3 | | |a:thr 3 | 3 |h|a:phe 7 | | | | |a:lys 4 | | |a:lys 4 | | |a:lys 4 | 4 |h|a:his 8 | | | | |a:tyr 5 | | |a:tyr 5 | | |a:tyr 5 | 5 |h|a:asp 9 | | |a:met 1 | |h|a:asn 6 | |h|a:asn 6 | |h|a:asn 6 | 6 |h|a:gln 10 | | |a:asp 2 | |h|a:lys 7 | |h|a:lys 7 | |h|a:lys 7 | 7 |H|A:LEU 11 |*| |A:LEU 3 |*|H|A:GLU 8 |*|H|A:GLU 8 |*|H|A:GLU 8 | 8 |H|A:LYS 12 |*|H|A:LYS 4 |*|H|A:PHE 9 |*|H|A:PHE 9 |*|H|A:PHE 9 | 9 |H|A:PHE 13 |*|H|A:PRO 5 |*|H|A:LEU 10 |*|H|A:LEU 10 |*|H|A:LEU 10 | 10 |H|A:ALA 14 |*|H|A:ASP 6 |*|H|A:LEU 11 |*|H|A:LEU 11 |*|H|A:LEU 11 | 11 |H|A:TRP 15 |*|H|A:TRP 7 |*|H|A:TYR 12 |*|H|A:TYR 12 |*|H|A:TYR 12 | 12 |H|A:LEU 16 |*|H|A:VAL 8 |*|H|A:LEU 13 |*|H|A:LEU 13 |*|H|A:LEU 13 | 13 |H|A:ALA 17 |*|H|A:VAL 9 |*|H|A:ALA 14 |*|H|A:ALA 14 |*|H|A:ALA 14 | 14 |H|A:GLY 18 |*|H|A:GLY 10 |*|H|A:GLY 15 |*|H|A:GLY 15 |*|H|A:GLY 15 | 15 |H|A:PHE 19 |*|H|A:PHE 11 |*|H|A:PHE 16 |*|H|A:PHE 16 |*|H|A:PHE 16 | 16 |H|A:VAL 20 |*|H|A:VAL 12 |*|H|A:VAL 17 |*|H|A:VAL 17 |*|H|A:VAL 17 | 17 |H|A:ASP 21 |*|H|A:ASP 13 |*|H|A:ASP 18 |*|H|A:ASP 18 |*|H|A:ASP 18 | 18 |H|A:ALA 22 |*|H|A:GLY 14 |*|H|A:GLY 19 |*|H|A:GLY 19 |*|H|A:GLY 19 | 19 |H|A:ASP 23 |*|H|A:GLU 15 |*|H|A:ASP 20 |*|H|A:ASP 20 |*|H|A:ASP 20 | 20 |S|A:GLY 24 |*|S|A:GLY 16 |*|S|A:GLY 21 |*|S|A:GLY 21 |*|S|A:GLY 21 | 21 |S|A:CYS 25 |*|S|A:CYS 17 |*|S|A:SER 22 |*|S|A:SER 22 |*|S|A:SER 22 | 22 |S|A:ILE 26 |*|S|A:PHE 18 |*|S|A:ILE 23 |*|S|A:ILE 23 |*|S|A:ILE 23 | 23 |S|A:ASN 27 |*|S|A:TYR 19 |*|S|A:ILE 24 |*|S|A:ILE 24 |*|S|A:ILE 24 | 24 |S|A:ALA 28 |*|S|A:VAL 20 |*|S|A:ALA 25 |*|S|A:ALA 25 |*|S|A:ALA 25 | 25 |S|A:GLN 29 |*|S|A:GLY 21 |*|S|A:GLN 26 |*|S|A:GLN 26 |*|S|A:GLN 26 | 26 |S|A:ILE 30 |*|S|A:VAL 22 |*|S|A:ILE 27 |*|S|A:ILE 27 |*|S|A:ILE 27 | 27 |S|A:VAL 31 |*|S|A:SER 23 |*|S|A:LYS 28 |*|S|A:ALA 28 |*|S|A:LYS 28 | 28 |S|A:SER 32 |*|S|A:ARG 24 |*|S|A:PRO 29 |*|S|A:PRO 29 |*|S|A:PRO 29 | 29 | |A:ARG 33 |*| |A:ASN 25 |*| |A:ASN 30 |*| |A:ASN 30 |*| |A:ASN 30 | 30 | |A:GLU 34 |*| |A:ARG 26 |*| |A:GLN 31 |*| |A:GLN 31 |*| |A:GLN 31 | 31 | |A:ASP 35 |*| |A:THR 27 |*| |A:SER 32 |*| |A:SER 32 |*| |A:SER 32 | 32 | |A:TYR 36 |*| |A:MET 28 |*| |A:TYR 33 |*| |A:TYR 33 |*| |A:TYR 33 | 33 | |A:LEU 37 |*| |A:LYS 29 |*| |A:LYS 34 |*| |A:LYS 34 |*| |A:LYS 34 | 34 | |A:LEU 38 |*| |A:THR 30 |*| |A:PHE 35 |*| |A:PHE 35 |*| |A:PHE 35 | 35 | |A:LYS 39 |*| |A:GLY 31 |*| |A:LYS 36 |*| |A:LYS 36 |*| |A:LYS 36 | 36 |S|A:TYR 40 |*|S|A:TYR 32 |*|S|A:HIS 37 |*|S|A:HIS 37 |*|S|A:HIS 37 | 37 |S|A:GLN 41 |*|S|A:GLN 33 |*|S|A:GLN 38 |*|S|A:GLN 38 |*|S|A:GLN 38 | 38 |S|A:VAL 42 |*|S|A:VAL 34 |*|S|A:LEU 39 |*|S|A:LEU 39 |*|S|A:LEU 39 | 39 |S|A:ARG 43 |*|S|A:LEU 35 |*|S|A:SER 40 |*|S|A:SER 40 |*|S|A:SER 40 | 40 |S|A:VAL 44 |*|S|A:PRO 36 |*|S|A:LEU 41 |*|S|A:LEU 41 |*|S|A:LEU 41 | 41 |S|A:SER 45 |*|S|A:GLU 37 |*|S|A:THR 42 |*|S|A:THR 42 |*|S|A:THR 42 | 42 |S|A:LEU 46 |*|S|A:PHE 38 |*|S|A:PHE 43 |*|S|A:PHE 43 |*|S|A:PHE 43 | 43 |S|A:THR 47 |*|S|A:ARG 39 |*|S|A:GLN 44 |*|S|A:VAL 44 |*|S|A:GLN 44 | 44 |S|A:VAL 48 |*|S|A:ILE 40 |*|S|A:VAL 45 |*|S|A:VAL 45 |*|S|A:VAL 45 | 45 |S|A:PHE 49 |*|S|A:VAL 41 |*|S|A:THR 46 |*|S|A:THR 46 |*|S|A:THR 46 | 46 |S|A:GLN 50 |*|S|A:GLN 42 |*|S|A:GLN 47 |*|S|A:GLN 47 |*|S|A:GLU 47 | 47 |S|A:SER 51 |*|S|A:HIS 43 |*|S|A:LYS 48 |*|S|A:LYS 48 |*|S|A:LYS 48 | 48 | |A:THR 52 |*| |A:LYS 44 |*| |A:THR 49 |*| |A:THR 49 |*| |A:THR 49 | 49 | |A:THR 53 |*| |A:ARG 45 |*| |A:GLN 50 |*| |A:GLN 50 |*| |A:GLN 50 | 50 | |A:GLN 54 |*|H|A:ASP 46 |*|H|A:ARG 51 |*|H|A:ARG 51 |*|H|A:ARG 51 | 51 |H|A:HIS 55 |*|H|A:ILE 47 |*|H|A:ARG 52 |*|H|A:ARG 52 |*|H|A:ARG 52 | 52 |H|A:PHE 56 |*|H|A:GLN 48 |*|H|A:TRP 53 |*|H|A:TRP 53 |*|H|A:TRP 53 | 53 |H|A:ILE 57 |*|H|A:VAL 49 |*|H|A:PHE 54 |*|H|A:PHE 54 |*|H|A:PHE 54 | 54 |H|A:LEU 58 |*|H|A:LEU 50 |*|H|A:LEU 55 |*|H|A:LEU 55 |*|H|A:LEU 55 | 55 |H|A:LEU 59 |*|H|A:TYR 51 |*|H|A:ASP 56 |*|H|A:ASP 56 |*|H|A:ASP 56 | 56 |H|A:ASP 60 |*|H|A:ALA 52 |*|H|A:LYS 57 |*|H|A:LYS 57 |*|H|A:LYS 57 | 57 |H|A:ILE 61 |*|H|A:LEU 53 |*|H|A:LEU 58 |*|H|A:LEU 58 |*|H|A:LEU 58 | 58 |H|A:GLN 62 |*|H|A:ARG 54 |*|H|A:VAL 59 |*|H|A:VAL 59 |*|H|A:VAL 59 | 59 |H|A:LYS 63 |*|H|A:LYS 55 |*|H|A:ASP 60 |*|H|A:ASP 60 |*|H|A:ASP 60 | 60 |H|A:ILE 64 |*|H|A:PHE 56 |*|H|A:GLU 61 |*|H|A:GLU 61 |*|H|A:GLU 61 | 61 |H|A:LEU 65 |*|H|A:PHE 57 |*|H|A:ILE 62 |*|H|A:ILE 62 |*|H|A:ILE 62 | 62 |H|A:GLY 66 |*|H|A:GLY 58 |*|H|A:GLY 63 |*|H|A:GLY 63 |*|H|A:GLY 63 | 63 | |A:CYS 67 |*| |A:CYS 59 |*| |A:VAL 64 |*| |A:VAL 64 |*| |A:VAL 64 | 64 | |A:GLY 68 |*| |A:GLY 60 |*| |A:GLY 65 |*| |A:GLY 65 |*| |A:GLY 65 | 65 |S|A:THR 69 |*|S|A:VAL 61 |*|S|A:TYR 66 |*|S|A:TYR 66 |*|S|A:TYR 66 | 66 |S|A:VAL 70 |*|S|A:VAL 62 |*|S|A:VAL 67 |*|S|A:VAL 67 |*|S|A:VAL 67 | 67 |S|A:ARG 71 |*|S|A:ARG 63 |*|S|A:ARG 68 |*|S|A:ARG 68 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