Так как структура 5A77 не имела четко интерпретируемых гидрофобных кластеров, решено было работать со структурой 3GO5, которая представляет из себя регуляторный фактор золотистого стафилококка CvfB. Как указано в описании на странице PDB, белок состоит из трех РНК-связывающих домена S1 и домена-транскрипционного фактора Winged helix. Пробовались разные параметры, но в итоге обнаружилось, что при пороге расстояния по умолчанию (5.4 Å) и минимальном числе атомов 20 обнаруживаются ядра, максимально близкие к ожидаемым при описанной выше архитектуре.
Рис. 1. Изображение гидрофобных ядер в структуре 3GO5. Четко выделяется домен Winged helix (розовый), три других ядра не имеют разделяются четко на три домена, возможно, потому что комплекс из трех доменов стабилизируется гидрофобными взаимодействиями, поэтому нет отчетливых границ гидрофобных ядер.
Контакты внутри димеров/комплексов белок-ДНК
Для работы была выбрана структура 1D66 - комплекс транскрипционного фактора Gal4 (димера) с ДНК. Несмотря на то, что выделить области контакта белок-ДНК здесь не удается, можно видеть два гидрофобных ядра и гидрофобный мостик между мономерами
Рис. 2. Изображение гидрофобных ядер в структуре 1D66, порог дистанции - 5.4 Å