Сравнить давление отбора на разные гены (работа с веб-сервером PAL2NAL)
Программа PAL2NAL переводит множественные выравнивания белков и соответсвующие последовательности ДНК (или мРНК) в выравнивание с разбиением на кодоны.В полученном выравнивании программа так же может посчить KA и KS, причём KA и KS считаются программой codeml из пакета PAMl.
В качестве гомолога моего белка (P13000 | BIOD_ECOLI) был выбран Q8ZQQ5|BIOD_SALTY. Id выравнивания 75% и она было по всей длинне белка.
Я выравнял белковые последовательности программой emma из пакета emboss
Выравнивание с разбиением на кодоны.
Выравнивание в формате CLUSTAL с подсчетом KA, KS(для этого надо включить опцию, при активации которой в выравнивание не учитываются гэпы и стоп-кодоны) и их отношения для:
Отношение KA/KS для гена BIOD в EColi и в Salty - 0.1020. Малое отношение этих констант говорит о том, что этот ген подвержен влиянию стабилизирующего отбора. Этот факт объясняется тем, что детибиотин-синтетаза является катализатором одной и тоже реакции в разных организмах, а значит довольно консервативна.
Отношение KA/KS для генов L36552 L36554(факторы фертильности Калифорнийских морских ушек) - 6.4390. Столь большое отношение (заметно больше 1) говорит о движущем отборе. Это объясняется тем, что данные белки участвуют в образовании акросомального комплекса (участвуют в растворенни оболочки яйцеклетки и слияния с ней сперматозоида) и для обеспечения межвидовой стерильности сперматозоид и яйцеклетка разных видов не должны сливаться, это становится еще важнее если вспомнить, что у двустворчатых внешнее оплодотворение. После всего выше сказанного, становиться ясно, что эволюция этих генов у близкородственных моллюсков идет очень быстро(дивергенция).