Мембранные белки

Q41372_SPIOL Amaranthaceae; Spinacia.

Построение парного выравнивания исследуемого белка и заданного прототипа

www.pdb.org

А выравнивание последовательности белка-прототипа из БД PDB с последовательностю белка-прототипа лежат здесь

Разметка мембранных сегментов на выравнивании

Предсказание топологии заданного белка с помощью наиболее популярной программы (TMHMM)

Страничка с результатами предсказания программой TMHMM

Выравнивание в формате Clustal

Оценка качества предсказания



package gene;
import java.io.*;
/**
 * Title:
 * Description:
 * Copyright: Copyright (c) 2007
 * Company:
 * @author not attributable
 * @version 1.0
 */

public class pods4et {
  public pods4et() {
  }
  public static void main(String[] args) {
    pods4et pods4et1 = new pods4et();
    int TP = 0, TN = 0, FP = 0, FN = 0, H = 0,TNt=0,TNf=0;
     String istina =
         "++++++++++++++++++++++++++++++++++++HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--" +
         "--------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHH++++++++HHHHHHHHHH----HHHHH" +
         "HHHHHHHHHHHHHHHHH++++++++++++++++++++++++++HHHHHHHHHHHHHHHHH" +
         "HH----------------HHHHHHHHHHHHHHHH++++++++HHHHHHHHHH--------" +
         "-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH++++++++++++++++++++"
         ;

     String l =
         "+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++HHHHHHHHHHHHHHHHHHH" +
         "HHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH++++++++++++++++++++HHHH" +
         "HHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHH" +
         "HHH++++++++++++HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----------------------" +
         "---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH+++++++++++++++"
        ;

     for (int i = 0; i < l.length(); i++) {
       char a = istina.charAt(i);
       char b = l.charAt(i);
       if (a == 'H') {
         if (b == 'H') {
           TP++;
           H++;
         }
         else FN++;
       }
       else
       if (b == 'H') {
         FP++;
         H++;
       }
       else {
         TN++;
         if(a ==b) TNt++;
         else TNf++;

       }
     }
     double sensivity = (double) (TP) / (TP + FN);
     double specificity = (double) (TN) / (TN + FP);
     double precision = (double) (TP) / (TP + FP);
     double over = (double) (FP) / (FP + TP);
     double inover = (double) (FN) / (TN + FN);
     System.out.println("Длина=" + l.length());
     System.out.println("TP=" + TP);
     System.out.println("TN=" + TN);
     System.out.println("FP=" + FP);
     System.out.println("FN=" + FN);
     System.out.println("TM=" + H);
     System.out.println("sensivity=" + sensivity);
     System.out.println("specificity=" + specificity);
     System.out.println("precision=" + precision);
     System.out.println("over=" + over);
     System.out.println("inover=" + inover);

  }

}



  Результаты предсказания топологии мембранного белка Q41372_SPIOL 
  
    
       
       Число а.к. остатков 
    
    
      Всего а.к. остатков 
      281
    
    
      Остатки, предсказанные как локализованные в мембране (всего) 
      135
    
    
      Правильно предсказали (true positives, TP) 
      114
    
    
      Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным ОРМ таковыми не являются, false positives, FP) 
      21
    
    
      Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным ОРМ не находятся в мембране, true negatives, TN) 
      122
    
    
      Не предсказали то, что нужно (остатки по данным ОРМ находятся в мембране, false negatives, FN) 
      24
    
    
      Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN)
      0.8261
    
    
      Специфичность (specificity) =  TN / (TN+FP)  
      0.8531
    
    
      Точность (precision) = TP / (TP+FP)                        
      0.8444
    
    
      Сверхпредсказание  = FP/ (FP+TP)     
      0.1556
    
    
      Недопредсказание = FN / (TN+FN)                                            
      0.1644

Программа TMHMM справилась не очень здорово(если считать, что предсказанная OPM расположение в клетке белка-прототипа совпадает с исследуемым белком), т.к. при предсказании этой программой были не найдены два мембранных участка, хотя это не привело к ошибке в разметке всех немебранных петель, но наверное могло бы привести при потере нечетного числа участков, поэтому программа, хотя и справляется с предсказанием трансмембранных участков, расположения белков, но не блестяще.

	Число а.к. остатков
Всего а.к. остатков	281
Остатки, предсказанные как локализованные в мембране (всего)	135
Правильно предсказали (true positives, TP)	114
Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным ОРМ таковыми не являются, false positives, FP)	21
Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным ОРМ не находятся в мембране, true negatives, TN)	122
Не предсказали то, что нужно (остатки по данным ОРМ находятся в мембране, false negatives, FN)	24
Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN)	0.8261
Специфичность (specificity) = TN / (TN+FP)	0.8531
Точность (precision) = TP / (TP+FP)	0.8444
Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP)	0.1556
Недопредсказание = FN / (TN+FN)	0.1644