| Онтология GO (имя) | Количество ассоциированных терминов GO | Краткий ответ на вопрос | Данные EcoCyc | |
|---|---|---|---|---|
| Где? | Клеточный компонент (component); | 0; | Не указано; | Не указано; |
| Зачем, для чего? | Биологический процесс (process); | 1(ссылок 3); | для катализа синтезa детиобиотина
Вот катализируемая рекция: ATP + 7,8-diaminononanoate + CO2 = ADP + phosphate + dethiobiotin |
BIOD-фермент катализирующий замыкающую стадию в каскаде реакций синтеза детиобиотина, это уникальная стадия при которой связывается СО2 и образуется детиобиотин |
| Молекулярный механизм? | Молекулярная функция (function); | 3(ссылок 5); | он необходим, т.к. этот белок катализатор синтеза детиобиотина, обладает лигазной активностью, катализирует выше приведенную реакцию. | катализируемая реакция обратима, может иметь в качестве субстрата не АТФ, ЦТФ, а вместо 7,8-diaminononanoate: DIAMINOBIOTIN(думаю не стоит переводить) |
| Специфичность? | Молекулярная функция (function) (В GO нет отдельной онтологии для специфичности; | 2(ссылок 5); | для работы белка необходим ион магния для образования правильной конформации, белок связыется с реагентами данной реакции
ATP + 7,8-diaminononanoate + CO2 = ADP + phosphate + dethiobiotin ; |
все уже сказано выше; |
| Количество записей | Запрос | |
| Всего | 20931 | ([uniprot-Organism:Danio*] & [uniprot-Organism:rerio*]) | С идентификаторами всех 3-х онтологий GO | 3993 | (([uniprot-Organism:Danio*] & [uniprot-Organism:rerio*]) & (([uniprot-DBxref_:c:*] & [uniprot-DBxref_:p:*]) & [uniprot-DBxref_:f:*])) |
| В том числе белков нуклеосомы | 27 | <((([uniprot-Organism:Danio*] & [uniprot-Organism:rerio*]) & (([uniprot-DBxref_:c:*] & [uniprot-DBxref_:p:*]) & [uniprot-DBxref_:f:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0000786*]) /td> |
| В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) | 0 | ((([uniprot-Species:Danio*] & [uniprot-Species:rerio*]) & (((((((((((((([uniprot-DBxref_:c:*] & [uniprot-DBxref_:p:*]) & [uniprot-DBxref_:f:*]) ! [uniprot-DBxref_:IC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI:*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI:*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS:*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:ND:*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA:*]) ! [uniprot-DBxref_:NR:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0000786*]) |
| В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) | 0 | (((([uniprot-Organism:Danio*] & [uniprot-Organism:rerio*]) & (([uniprot-DBxref_:c:*] & [uniprot-DBxref_:p:*]) & [uniprot-DBxref_:f:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0000786*]) & ([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*])) |
Менее 20% записей UniProt имеют полностью известную функцию (по данным GO). Из 27 белков нуклеосомы из Danio rerio ни один не имеет полностью экспериментально доказанной функции, и даже не имеют экспериментальные доказательства отдельных утверждений о функции.