Учебный сайтик
Кирилла Прокаповича

Структура в целом

Тип макромолекулы: белок, конкретнее фермент тиолпероксидаза бактерии yersinia pseudotuberculosis. В молекуле шесть идентичных макромолекул (A, B, C, D, E, F), которые собраны в белок четвертичной конформации. В одну биологическую единицу входят две макромолекулы.
Рис.1Ассиметричная сборка
Рис. 2 Биологическая сборка
Рис.3 Белок, отрендеренный в PyMol
Рис.4 Покрашенные альфа-спирали и бета-складки белка
Альфа-спирали и бета-складки представлены в ферменте в равной мере.

Полимерные цепи

Цепи относятся к бактерии yersinia pseudotuberculosis.
uniprot_id: EC:1.11.1.24;
Название: Thiol peroxidase(тиол пероксидаза);
Функция: катализ расщепления пероксида водорода и органических гидроперекисей до воды и спирты, участие в защите бактерии от окислительного стресса.

Малые молекулы

В белке содержится (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL, трехбуквенное обозначение DTU.
Ссылка на строки DTU в файле .pdb

Рис.5 Белковое окружение малой молекулы

Связи в белке

Водородные связи, задевающие остов очень легко найти в альфа-спирали (как здесь) или в бета-складках, так как только они их и поддержвают.

Рис.6 Водородная связь, задевающая атомы остова

Боковые радикалы также могут образовывать водородные связи.

Рис.7 Водородная связь, задевающая атомы бокового радикала

В белке также представлены такие связи, как солевой мостик и стекинг. А вот дисульфидных связей между цистеинами в структуре нет.

Рис.8 Стекинг в белке
Рис.9 Солевой мостик в белке
Рис.10 Расположение цистеинов в белке