| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ATP synthase protein I | atpz_ecoli | atpz_bacsu | 22.5 | 8.8% | 12.9% | 135 | 4 |
| Branched-chain amino acid permease BrnQ | brnq_ecoli | brnq_bacsu | 823.5 | 37.9% | 59.0% | 19 | 6 |
| Cytidine deaminase | cdd_ecoli | cdd_bacsu | 101.0 | 13.9% | 20.5% | 176 | 8 |
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ATP synthase protein I | atpz_ecoli | atpz_bacsu | 36 | 43.3% | 53.3% | 1 | 1 | 23.8% | 23.6% |
| Branched-chain amino acid permease BrnQ | brnq_ecoli | brnq_bacsu | 828 | 39.7% | 61.2% | 6 | 1 | 95% | 96.1% |
| Cytidine deaminase | cdd_ecoli | cdd_bacsu | 108 | 32.8% | 47.4% | 11 | 5 | 36.4% | 83.9% |
В глобальном выравнивании только brnq_ecoli и brnq_bacsu имеют идентичность достаточно высокую, чтобы утверждать о гомологичность этих белков, остальные пары негомологичны. Однако в локальном выравнивании у этих двух пар белков идентичность выше, что может говорить о том, что сохранилась какая-то функциональная часть этих белков в разных местах. Гомологичное выравнивание позволяет точнее установить гомологичность, так как фрагменты белков могут быть похожи, при этом находится в разных частях. У белков из пары atpz_ самое маленькое покрытие, при достаточно высокой (43.3%) идентичности, из чего мы можем сделать вывод, что эти белки гомологичны.
| Needle/Water | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| needle | acka_ecoli(Acetate kinase) | apt_bacsu(Adenine phosphoribosyltransferase) | 18.5 | 6.0% | 9.3% | 396 | 10 | - | - |
| water | acka_ecoli(Acetate kinase) | apt_bacsu(Adenine phosphoribosyltransferase) | 33.5 | 27.0% | 48.1% | 2 | 1 | 6.25% | 15.9% |
На основании глобального выравнивания нельзя сказать, что эти белки гомологичны, из-за их низкой идентичности. На основании локального выравнивания тоже можно сказать, что эти белки негомологичны потому, что низкая иденичность при низком покрытии.
Для множественного выравнивания я выбрал белок ATP synthase protein I, а организмы Rhodobacter capsulatus, Shigella flexneri, Pseudomonas aeruginosa, Vibrio cholerae serotype O1. По названию белка в UniProtKB выдало 22 результата из Swiss-Prot, все организмы с совпадающей мнемоникой взяты оттуда. По выравниванию абсолютно нельзя сказать, что белки гомологичны, у них много гэпов в выравнивании, мало совпадающих аминокислотных остатков. Для множественного выравнивания я использовал программу muscle из пакета EMBOSS.
Множественное выравнивание в JalView.