Учебный сайтик
Кирилла Прокаповича

Таблица 1. Глобальные выравнивания 3-х белков кишечной палочки и сенной палочки
Protein name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
ATP synthase protein I atpz_ecoli atpz_bacsu 22.5 8.8% 12.9% 135 4
Branched-chain amino acid permease BrnQ brnq_ecoli brnq_bacsu 823.5 37.9% 59.0% 19 6
Cytidine deaminase cdd_ecoli cdd_bacsu 101.0 13.9% 20.5% 176 8
Таблица 2. Локальные выравнивания 3-х белков кишечной палочки и сенной палочки
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
ATP synthase protein I atpz_ecoli atpz_bacsu 36 43.3% 53.3% 1 1 23.8% 23.6%
Branched-chain amino acid permease BrnQ brnq_ecoli brnq_bacsu 828 39.7% 61.2% 6 1 95% 96.1%
Cytidine deaminase cdd_ecoli cdd_bacsu 108 32.8% 47.4% 11 5 36.4% 83.9%

Комментарии к выравниваниям

В глобальном выравнивании только brnq_ecoli и brnq_bacsu имеют идентичность достаточно высокую, чтобы утверждать о гомологичность этих белков, остальные пары негомологичны. Однако в локальном выравнивании у этих двух пар белков идентичность выше, что может говорить о том, что сохранилась какая-то функциональная часть этих белков в разных местах. Гомологичное выравнивание позволяет точнее установить гомологичность, так как фрагменты белков могут быть похожи, при этом находится в разных частях. У белков из пары atpz_ самое маленькое покрытие, при достаточно высокой (43.3%) идентичности, из чего мы можем сделать вывод, что эти белки гомологичны.

Таблица 3. Локальное и глобальное выравнивания двух белков с разными мнемониками функций
Needle/Water ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
needle acka_ecoli(Acetate kinase) apt_bacsu(Adenine phosphoribosyltransferase) 18.5 6.0% 9.3% 396 10 - -
water acka_ecoli(Acetate kinase) apt_bacsu(Adenine phosphoribosyltransferase) 33.5 27.0% 48.1% 2 1 6.25% 15.9%

На основании глобального выравнивания нельзя сказать, что эти белки гомологичны, из-за их низкой идентичности. На основании локального выравнивания тоже можно сказать, что эти белки негомологичны потому, что низкая иденичность при низком покрытии.

Множественное выравнивание

Для множественного выравнивания я выбрал белок ATP synthase protein I, а организмы Rhodobacter capsulatus, Shigella flexneri, Pseudomonas aeruginosa, Vibrio cholerae serotype O1. По названию белка в UniProtKB выдало 22 результата из Swiss-Prot, все организмы с совпадающей мнемоникой взяты оттуда. По выравниванию абсолютно нельзя сказать, что белки гомологичны, у них много гэпов в выравнивании, мало совпадающих аминокислотных остатков. Для множественного выравнивания я использовал программу muscle из пакета EMBOSS.

Множественное выравнивание в JalView.