Создание структур
Были сгенерированы A-, B- и Z- ДНК, состаящие из 5 кратного повторение нуклеотидной последовательности GATC. Работа проводилась с помощью программы fiber, пакета 3DNA
А-форма B-форма Z-формаЭкспериментальная структура и полученная с помощью программы fiber
Сравним полученную ранее структуру В-формы ДНК и структуру, полученную экспериментально(тоже В-форма, pdb id: 1bna)
Для покраски использовал следующие команды:
color white, all
color blue, (resn DA and name N6+C6+C5+N7+C8+N9+N1) or (resn DG and name O6+N1+C6+C5+N7+C8) or (resn DC and name N4+C6+C5+C4) or (resn DT and name O4+C6+C5+C4+C7)
color red, (resn DA and name C2+C4+N3) or (resn DG and name C4+C2+N3+N2) or (resn DC and name O2+C2+N1+N3) or (resn DT and name N3+O2+C2+N1+N3)
В сторону малой бороздки смотрят A-C2,C4,N3; G-C4,C2,N3,N2; C-O2,C2,N1,N3; T-N3,O2,C2,N1,N3.
В сторону большой: A-N6,C6,C5,N7,C8,N9,N1; G-O6,N1,C6,C5,N7,C8; C-N4,C6,C5,C4; T-O4,C6,C5,C4,C7.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28 | 33 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 16.8(A/G5:B/A38) | 17.2(A/T11:B/T27) | 23.5(A/C8:B/C28) |
| Ширина малой бороздки | 8 (A/A10:B/G25) | 11.7 (A/T15:B/A30) | 8.7 (A/G7:B/G39) |
тРНК
Моя тРНК: 1gts
Стебли
- Акцепторный стебель: 2-7 (комплементарно 66-71)
- D-ветвь: 10-12 (комплементарно 23-25)
- Т-ветвь: 26-33 (комплементарно 37-44)
- Антикодоновая ветвь: 49-53 (комплементарно 61-65)
Неканонические взаимодействия
U54-A58, U55-G18, A37-U33, U38-U32, C44-A26, A13-A45, A14-U8, A15-C48.