Я выбрал Peptidase M7, snapalysin (IPR000013). Эта группа металлопептидаз относится к пептидазному семейству M7 по классификации MEROPS (семейство снапализинов, клан MA(M)). Фолд пептидазного домена у представителей этого семейства напоминает таковой у термолизина — типичного представителя клана MA. Всего белков - 2055.
Доменная архитектура - IPR000013 - IPR001254, у такой архитектуры 65 белков.
Я сделал выравнивание с помощью muscle, выделил домен и с помощью
hmmbuild --amino hmmres hmmprof ali.fasta
построил hmm профиль.
Затем с помощью
hmmsearch -o hmmres hmmprof protein-matching-IPR000013.fasta
провел поиск мотивов в белках семейства. Выдача
По результатам хорошим порогом скора является 431.4, после которого идут находки с одним найденным доменом (у моего подсемейства их два).
Всего - 2505, вернонайденных - 59, ложнонайденных - 10, ложноненайденных - 6, верноненайденных - 2430.
Таким образом, получилось найти с высокой точностью белки нашего подсемейства.