Учебный сайтик
Кирилла Прокаповича

Подготовка последовательностей

К счастью ни один вид не пришлось заменить. Я получил последовательности 12S rRNA и сделал выравнивание с помощью программы muscle.

Построение по нуклеотидным последовательностям

Рис. 1. Дерево видов построенное по нуклеотидной последовательность 12S rRNA с помощью программы IQTree. Модель эволюции: TIM2+F+G4. Алгоритм: метод максимальног правдоподобия. Укоренение: Panthera leo.
Рис. 2. Дерево построенное с помощью программы IQTree по цитохромам В. Алгоритм: метод максимального правдоподобия. Модель эволюци: mtMAM+G4. Укоренение: Pusa hispida.
Рис. 3. Дерево построенное в первом задании

Отличий от дерева, построенного в первом задании особо нет, все виды объединены также. Значит отличия будут похожи на отличия с деревом построенным по цитохромам. Gulo gulo и Enhydra lustris слишком удалены друг от друга в дереве по цитохромам. Odobenus rosmarus, Pusa hispida, Halichoerus grypus правильно объединены с Gulo gulo и Ursus arctos.

Укоренение во внешнюю группу

Для данного задания я взял Mus musculus (отряд Rodentia, все остальные Carnivora). При укоренении вручную получилоось точно такое же дерево, как и в первый раз, только внешняя группа это Mus musculus.

Рис. 4. Дерево видов построенное по нуклеотидной последовательности 12S rRNA с помощью программы IQTree с добавлением Mus musculus в качестве внешней группы. Модель эволюции: TIM2+F+I+G4. Укоренение: Mus musculus.

Стоит отметить, что лично для меня является странным, что меняется модель эволюции, выбранная алгоритмом, что наверное значит то, что та модель неподходила для столь отдаленных видов, и добавление даже одного отдаленного заставляет использовать другую модель.

Бутстрэп анализ

Бутстрэп анализ проводился над деревом из прошлого пункта, т.е. с внешней группой в виде Mus musculus.

Рис. 5. Дерево с проведенным бутстрэп анализом, построенным по 12S rRNA нуклеотидной последовательности. Программа fastme. Бутстрэп реплик 100. Модель Mt-REV.