Учебный сайтик
Кирилла Прокаповича

Подготовка последовательностей

К счастью ни один вид не пришлось заменить. Я получил последовательности 12S rRNA и сделал выравнивание с помощью программы muscle.

Построение по нуклеотидным последовательностям

Рис. 1. Дерево видов построенное по нуклеотидной последовательность 12S rRNA с помощью программы IQTree. Модель эволюции: TIM2+F+G4. Алгоритм: метод максимального правдоподобия. Укоренение: в группу не кошачьих
Рис. 2. Дерево построенное с помощью программы IQTree (метод максимального правдоподобия) с моделью mtMAM+G4 по цитохромам B, укоренение в группу Кошачьих.
Рис. 3. Дерево построенное в первом задании

У дерева построенного по рРНК 1 неправильные ветви, а у цитохрома 3, значит строить по рРНК лучше.

Укоренение во внешнюю группу

Для данного задания я взял Mus musculus (отряд Rodentia, все остальные Carnivora). При укоренении вручную получилоось точно такое же дерево, как и в первый раз, только внешняя группа это Mus musculus.

Рис. 4. Дерево видов построенное по нуклеотидной последовательности 12S rRNA с помощью программы IQTree с добавлением Mus musculus в качестве внешней группы. Модель эволюции: TIM2+F+I+G4. Укоренение: Mus musculus.

Дерево (если не считать внешнюю группу) получилось идентичным тому, что было построено по рРНК без внешней группы, значит добавление внешней группы не влияет на остальное ветвление, и ее удобно добавлять для укоренения дерева.

Бутстрэп анализ

Бутстрэп анализ проводился над деревом из прошлого пункта, т.е. с внешней группой в виде Mus musculus.

Рис. 5. Дерево с проведенным бутстрэп анализом, построенным по 12S rRNA нуклеотидной последовательности. Программа fastme. Бутстрэп реплик 100. Модель Mt-REV.