Учебный сайтик
Кирилла Прокаповича

Описание сайта OPM

Для работы с трансмембранными белками часто нужно обращаться к OPM. Белок можно искать по такой классификации:

  • Тип
  • Класс
  • Суперсемейство
  • Семейство
  • Видовая принадлежность
  • Локализация белка
  • Сам белок
    •

    При описании белка встречаются ссылки на PDB, PDBsum, MPKS, MРDB, Uniprot, Pfam, InterPro, TCDB.

    В базе для тренировки я нашел белок с бета-листами я выбрал 6x9z » Designed transmembrane beta-barrel:

  • Type: Transmembrane
  • Class: Beta-barrel transmembrane
  • Superfamily: OmpA-OmpF porin family (n=8,S=10)
  • Family: OmpA family
  • Species: Designed proteins
  • Localization: Bacterial Gram-negative outer membrane
    •

    Нашел я его в типе трансмембранных белков, классе трансмембранных бета-бочонков.

    Белок с кодификатором 6lmw на PDB

    Белок для моего задания: модулятор гомеостаза кальция 2 (англ. Calcium homeostasis modulator protein 2; AC UniProt: Q9HA72; ID PDB: 6LMW; Organisms: Oryzias latipes, Homo sapiens(В pdb одной записи соответствует два организма, потому что белок является химерным, понять зачем его сделали химерным я не смог)), располагается в клеточной мембране. Белок регулирует гомеостаз АТФ и ионов кальция, являясь порообразующей субъединицей канала. Сам белок состоит из 8 одинаковых субъединиц.

    У каждой субъединицы одинаковые координаты TM: 1(23-36), 2(49-71), 3(99-124), 4(178-202)

    В сервисе DeepTMHMM я также предсказал по его аминокислотной последовательности, которую взял с базы данных UniProt для человека, координаты TM участков. Получилось (20-35), (55-75), (102-122), (186-202). Эти координаты отличаются от тех, которые написаны в ОРМ. Вот выдача сервиса DeepTMHMM.

    ##gff-version 3
    # sp_Q9HA72_CAHM2_HUMAN Length: 323
    # sp_Q9HA72_CAHM2_HUMAN Number of predicted TMRs: 4
    sp_Q9HA72_CAHM2_HUMAN inside 1 19
    sp_Q9HA72_CAHM2_HUMAN TMhelix 20 35
    sp_Q9HA72_CAHM2_HUMAN outside 36 54
    sp_Q9HA72_CAHM2_HUMAN TMhelix 55 75
    sp_Q9HA72_CAHM2_HUMAN inside 76 101
    sp_Q9HA72_CAHM2_HUMAN TMhelix 102 122
    sp_Q9HA72_CAHM2_HUMAN outside 123 185
    sp_Q9HA72_CAHM2_HUMAN TMhelix 186 202
    sp_Q9HA72_CAHM2_HUMAN inside 203 323

    Рис. 1. График предсказания трансмембранных участков белка модулятора гомеостаза кальция 2 сервисом DeepTMHMM. По оси Х - позиция аминокислоты, по оси Y - вероятность, разными цветами отмечены график вероятности нахождения аминокислоты внутри клетки(синим)/снаружи клетки(розовым)/в мембране(красным)

    В общем большая часть предсказаний перекрывается с небольшими сдвигами. У DeepTMHMM в основном позиции аминокислот больше у трансмембранных участков, чем у ОРМ. Так что в общем DeepTMHMM хорошо справился с предсказанием трансмембранных участков.