Поиск предков белка
Белок для моего задания это Septum site-determining protein MinC у бактерии Shigella. Этот белок является ингибитором клеточного деления. (АС: Q7UCU1). Для поиска предков этого белка я запускал программу PSI-BLAST.
На первой итерации было найдено 180 белков, 164 из которых имеют E-value > 0.005, все из них являются теми же белками других организмов.
На второй итерации было найдено 190 белков, 189 из которых имеют E-value > 0.005.
На третьей итерации было найдено 200 белков, 198 из которых имеют E-value > 0.005. Появились дегидрогеназы.
На четвертой итерации было найдено 261 белков, 241 из которых имеют E-value > 0.005.
На пятой итерации было найдено 301 белков, 299 из которых имеют E-value > 0.005.
На шестой итерации было найдено 313 белков, 307 из которых имеют E-value > 0.005. Также были найдены разные лиазы.
Далее итерации ничего нового особо не давали.
Наиболее вероятным предком явялется Probable septum site-determining protein MinC [Escherichia coli ATCC 8739], совпадения у них 98%
