с наложенным изображением
спирали и бета-тяжа на одной из них (A)
На последнем рисунке изображена раскраска по атомам.
Мой белок состоит из двух идентичных цепей, поэтому я рассмотрю только одну из них. Я рассмотрю взаимное расположение бета-тяжей 1 и 9.
Значения их торсионных углов можно найти на странице
Торсионные углы.
Значения торсионных углов:
фи:среднее -113.5, максимальное -86.5, минимальное -120.1
пси: среднее 126.7, максимальное 153.9, минимальное 99.4
Структура удерживается 5 водородными связями(4 - между двумя цепями и 1 - между остатками одной цепи) В данном случае водородные связи были только между атомами азота и кислорода, а связей типа кислород-кислород или азот-азот не было. Контакты в тяжах с остальной частью молекулы распределены довольно равномерно, они(тяжи) со всех сторон окружены другими остатками белка.
| Имя атома остатка спирали | Имя контактирующего атома | Расстояние (Ангстрем) | Предположительная природа контакта |
| CYS239A.SG | LEU212A.CD | 4.046 | Гидрофобное взаимодействие |
| ARG2A.NH | GLU259A.O | 2.833 | водородная |
| PRO5A.O | LEU6A.N | 2.242 | Водородная связь |
| MET237A.SD | ALA215A.CB | 4.126 | Гидрофобное взаимодействие |
|
|
||
| Cтруктура цепей А и B с наложенным изображением спирали и бета-тяжа на одной из них (A) |
Водородные связи в бета-слое | ||
|
|
|
|
| Взаимодействующие со структурой атомы других частей белка
(белым цветом) и воды (синим цветом).
На последнем рисунке изображена раскраска по атомам. |