Занятие 12. Семейства доменов

1. Описание доменной организации заданного белка с использованием ресурсов БД Pfam.

Доменная организация белка NAGB_Ecoli

• Картинка со схематическим изображением доменной структуры NAGB_Ecoli(по данным Pfam)
• Картинка с доменами, отмеченными на пространственной структуре NAGB_Ecoli( по данным записи из банка PDB(1FRZ)),
• Домены в последовательности NAGB_Ecoli

  Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности NAGB_Ecoli
  PF01182	Glucosamine_iso	Глюкозамин-6-фосфат изомераза	15-250

Описание N-концевого домена белка NAGB_Ecoli

• Краткая характеристика домена PF01182
  Глюкозамин-6-фосфат изомераза - это фермент, ответственный за переход D-глюкозамино-6-фосфата в D-фруктозо-6-фосфат. Это последний шаг в процессе переработки N-ацетилглюкозамина в бактериях (Escherichia coli) или грибах (Candida albicans).
• Организмы, в которых найдены белки с доменами PF01182

  Таксон		Количество белков с доменом PF01182
  Эукариоты	Растения	-
  	Грибы	40
  	Животные	58
  Бактерии		404
  Археи		-

• Краткие ответы на следующие вопросы:
  • сколько всего известно белков с доменами PF01182? 555
  • что бывает чаще: домен PF01182 — единственный домен в белке, или же этот домен обычно встречается в белках в сочетании с другими доменами? Чаще он одинок.
  • известны ли случаи дупликации домена PF01182? Не известны.
  • известны ли случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них PF01182? Нет.

Упражнение 2. Мотивы в аминокислотной последовательности NAGB_Ecoli по данным БД InterPro

• Картинка с изображением всех подписей в моем белке
• Мотивы в белке NAGB_Ecoli по данным БД InterPro

  Название подписи	Положение в последовательности NAGB_Ecoli	Полное название базы данных	* Название организации, поддерживающей данную БД.	* Город и страна
  PS01161	125-143	PROSITE	Swiss Institute of Bioinformatics	Женева, Швейцария
  PTHR11280	24-255	The PANTHER (Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships) Classification System	National Institute of General Medical Sciences
  TIGR00502	1-259	The Comprehensive Microbial Resource (CMR)
  PF01182	15-250	Pfam	Wellcome Trust Sanger Institute	Кембридж, Англия
  G3DSA:3.40.50.1360	1-266	CATH Protein Structure Classification
  SSF100950	1-266	SUPERFAMILY	Stanford University, University of Texas at Austin, University of Bristol	США, США, Англия