Множественное выравнивание

1. Выбранные гомологичные последовательности
2. Выравнивание с помощью программы emma
3. Выравнивание с помощью программы muscle
4. Выравнивание, полученное с помощью emma, в Genedoc.
Получилась 46 колонок, консервативная на 100%, и 61 колонки, консервативные на 70%. Присутствует только 1 ярко выраженный консервативный фрагмент: 141-149 колонки выравнивания, из которых 7 консервативны на 100% и 2 на 70%. Все остальные участки выравнивания не столь консервативны.
5. Матрица попарного совпадения последовательностей, получена на основе множественного выравнивания с помощью программы GeneDoc
6. Сравнение 2-х множественных выравниваний
   Выравнивания с помощью программы emma и muscle оказались практически идентичными, что и неудивительно, ведь сравнивались одни и те же последовательности. В большинстве случаев обе программы отметили одни и те же консервативные и полуконсервативные позиции. Мне больше понравилась сравнение muscle, потому что оно разместила последовательности таким образом, что нашлось еще несколько консервативных позиций, которые не обнаружила emma(всего 3 консервативных и 4 полуконсервативных). Это, пожалуй, единственное отличие двух выравниваний, в остальном они идентичны.
7. Сравнение оптимального попарного выравнивания последовательностей nagb_mycs2.fasta и nagb_cloab.fasta с их попарным выравниванием, порожденным множественным выравниванием
   Попарное выравнивание довольно сильно отличается от оптимального попарного выравнивания. В начале оптимальное выравнивание сходно в выравниванием с помощью muscle, но уже после 20-25 позиций в muscle наблюдается участокк гэпов, который никак не дублируется в оптимальном выравнивании. Так что все все выравнивание "съезжают" на несколько позиций. И хотя после этого наблюдаются схожие участки, оптимальное выравнивание становится довольно сильно отличым от двух других.