Главная страница Первый семестр Второй семестр

Третий семестр

Программы пакета BLAST(продолжение).

Я cоздала в своей директории файл d89965.fasta с записью D89965 банка EMBL и выполнила команду getorf так, чтобы получить набор трансляций всех открытых рамок данной последовательности длиной более 30 нуклеотидов, считая открытой рамкой последовательность триплетов, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном, при использовании бактериального кода. Команда:

getorf d89965.fasta d89965orf.fasta -table 11 -minsize 30 -find 1

Результаты в файле. Пятая по счету открытая рамка соответствует приведенной в записи CDS, а 13 соответствует записи Swiss-Prot, на которую ссылается данная запись EMBL.