Занятие 6. Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO

Я искала заданное описание локализации белка - мембрану эндоплазматического ретикулума - на главном сайте консорциума GO, http://www.geneontology.org.

Результат:
• заданное описание локализации - membrane.
• выбранный термин GO и его идентификатор - endoplasmic reticulum membrane, GO:0005789.
• название онтологии GO и его перевод на русский - cellular component - клеточный компонент.
• определение термина (в переводе на русский) - The lipid bilayer surrounding the endoplasmic reticulum - липидный бислой, окружающий ЭПР.

 

Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

Получена полная запись банка Swiss-Prot, описывающую последовательность белка человека.

DR GO; GO:0005737; C:cytoplasm; IEA:UniProtKB-KW.
DR GO; GO:0005524; F:ATP binding; IEA:InterPro.
DR GO; GO:0004672; F:protein kinase activity; IEA:InterPro.
DR GO; GO:0000184; P:nuclear-transcribed mRNA catabolic process,...; IEA:UniProtKB-KW.
DR GO; GO:0006468; P:protein amino acid phosphorylation; IEA:InterPro.

По этим данным описана функция заданного белка PAN3_HUMAN (Q58A45):

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	С - cellular compound	1	в цитоплазме
Зачем, для чего?	P - biological process	2	фосфорилирование ак и белков, катаболитические процессы с ядерно-транскибированной иРНК
Молекулярный механизм?	F - molecular function	1	протеинкиназная активность
Специфичность?	F - molecular function	1	АТФ - связывание

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Задача — оценить, насколько хорошо аннотированы в UniProt функции белков конкретной группы (группа задаётся организмом и локализацией). Отчет представлен в виде таблицы нижеследующего вида.

Протеом организма Arabidopsis thaliana. Результаты поиска в UniProt, 29.03.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	7876	Arabidopsis thaliana(Organism name) (([swissprot-Organism:Arabidopsis*] & [swissprot-Organism:thaliana*]) | [swissprot-Organism:Arabidopsis thaliana*])
С идентификаторами всех трёх онтологий GO	4528	Arabidopsis thaliana(Organism name), GO:&P:&F:&C:(DBxref) ((([swissprot-Organism:Arabidopsis*] & [swissprot-Organism:thaliana*]) | [swissprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO:*] & [swissprot-DBxref_:P:*]) & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]))
В том числе в мембране ЭПР	0	Arabidopsis thaliana(Organism name), GO:&P:&F:&C:(DBxref), endoplasmic reticulum membrane (Organelle)
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	0	---
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	0	---

Вывод: нет ни одной записи о белках, которые встречаются в мембране ЭПР, а также у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции. Т.е. функции белков этой группы очень плохо аннотированы.