Занятие 7. Классификация функций. Коды ферментов

Объяснить, что значит заданный код фермента.

Заданный код - EC 6.3.3.1

EC - Enzyme Classification - Классификация фермента
EC 6.-.-.- Ligases - Лигазы
EC 6.3.-.- Forming carbon-nitrogen bonds - Формирующие C-N связи
EC 6.3.3.- Cyclo-ligases - Циклолигазы
EC 6.3.3.1 Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase - Фосфорибозилформилглицинамидин циклолигаза


Сравните последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов.

Данное задание направлено на выяснение того, всегда ли гомологичны белки с данной функцией в далеких организмах.

С помощью SRS в банке Swiss-Prot был найден фермент с заданным кодом (EC 6.3.3.1) в трех организмах: бактерии Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека.
Запрос:

ECNumber - 6.3.3.1 Organism Name - Human | Escherichia | Methanococcus

1) число указанных ферментов в
Escherichia coli K-12 - 1
Methanococcus jannaschii - 1
Human - 1
2) названия доменов Pfam в найденных последовательностях, ответственных за данную ферментативную активность:
AIRS (PF00586)
AIRS_C (PF02769)
Эти домены есть во всех трех организмах.
3) результаты сравнения последовательностей двух (минимум) или более ферментов находятся в файлах:
ecoli-human
ecoli-metja
human-metja
4) вывод о гомологичности: домены, отвечающие за ферментативную активность, по-видимому, не всегда гомологичны, так как белки очень различаются и по своим последовательностям (Identity<40%), и по пространственным структурам.


Cравнение доменной структуры найденных белков.

Для найденных ферментов заполнена таблица:

		Фермент 1 (Escherichia coli (strain K12), P08178)	Фермент 2 (Homo sapiens (Human), P22102, A8K945, O14659)	Фермент 3 (Methanocaldococcus jannaschii, Q57656)
	Идентификатор, название домена Pfam	Положение в последовательности	Положение в последовательности	Положение в последовательности
Домен 1	PF00586 - AIRS	39-134	471-571	43-142
Домен 2	PF02769 - AIRS_C	166-334	606-777	176-344