Занятие 8. Метаболические пути. KEGG.

Поиск сведений о субстрате и продукте в KEGG.


Субстрат:

• оксалоацетат - Oxaloacetate;Oxalacetic acid;Oxaloacetic acid;2-Oxobutanedioic acid;Oxosuccinic acid;keto-Oxaloacetate
• идентификатор - C00036
• брутто-формула - С4H4O5
  
  

Продукт:

• гликолат - Glycolate;Glycolic acid;Hydroxyacetic acid
• идентификатор - C00160
• брутто-формула - C2H4O3
  
  



Поиск метаболического пути.

• Текст запроса для раскрашивания субстрата, продукта и ферментов:
  C00036 red
  C00160 green
  1.1.1.26 yellow
  1.1.1.37 yellow
  2.3.3.9 yellow
• Путь ko00630 Glyoxylate and dicarboxylate metabolism (часть карты)
• 



Описание последовательности реакций.

Опишите выбранную Вами последовательность реакций. Укажите общее число этапов Превращение субстрата в продукт происходит в 3 этапа. Сначала оксалоацетат превращается в (S)-малат, который превращается в глиоксилат, из которого получается гликолат.

Таблица 1. Возможных путь превращения оксалоацетата в гликолат по данным метаболической карты метаболизма глиоксилата и дикарбоксилата.



Этап	Ферментативная реакция	EC number	R number
1	(S)-Malate + NAD+ <=> Oxaloacetate + NADH + H+	EC 1.1.1.37	R00342
2	(S)-Malate + CoA <=> Acetyl-CoA + H2O + Glyoxylate	EC 2.3.3.9	R00472
3	Glycolate + NAD+ <=> Glyoxylate + NADH + H+	EC 1.1.1.26 EC 1.1.1.29	R00717




Исследование метаболического пути в других организмах

Таблица 2. Возможность пути превращения оксалоацетата в гликолат в различных организмах с известными полными геномами.



Организм	Возможна ли цепочка реакций (да/нет/неизвестно)	Обоснование
Escherichia coli	да	хотя на третьем этапе неизвестны гены ферментов EC 1.1.1.26 и EC 1.1.1.29, на этом этапе работает фермент EC 1.1.1.79, благодаря чему возможно осуществление цепочки реакций
Haemophilus influenzae Rd KW20	нет	неизвестны гены ферментов, катализирующих вторую стадию (EC 2.3.3.9) и один фермент третей стадии (EC 1.1.1.26)
Methanococcus janaschii	нет	из четырех генов ферментов, необходимых для цепочки реакций, известен только один - EC 1.1.1.37
Arabidopsis thaliana	нет	не известен ни один ген ферментов третьей стадии - EC 1.1.1.26, EC 1.1.1.29
Homo sapiens	нет	неизвестен ген фермента второй стадии - EC 2.3.3.9