Мини обзор бактерии Pseudoalteromonas piscicida
1.Введение
Pseudoalteromonas piscidia - это грамотрицательная гамма-протеобактерия [1]. Она в основном находится в морской среде, часто встречаяс> организмами, такими как рыбы, водоросли и беспозвоночные, что демонстрирует его роль в морской экосистеме. Некоторые штаммы обладают противообрастающими свойствами, что указывает на их потенциал в предотвращении скопления организмов на подводных поверхностях, таких как корпуса кораблей или подводные конструкции [2]. Помимо этого, ученые изучили потенциал Pseudoalteromonas piscidia в производстве веществ с противомикробными, противогрибковыми и даже противораковыми свойствами, которые могут найти применение в медицине и промышленности.
Pseudoalteromonas piscidia имеют широкий генетический потенциал, который может использоваться для разработки новых лекарственных препаратов и биотехнологических продуктов. Кроме того, эти бактерии играют важную роль в морской экосистеме, помогая поддерживать биоразнообразие и экологическое равновесие. Изучение Pseudoalteromonas piscidia может привести к новым открытиям в области биотехнологии, фармакологии и морской биологии, и предоставить новые возможности для применения биологически активных соединений из морских источников
2. Материалы и методы
Для написания обзора использовались данные из базы NCBI. Графики, таблицы были построены с помощью такого сервиса, как Google Sheets. Использовались также скрипты, написанные на Python
3. Результаты
1. Основные данные о геноме
Бактерия содержит одну хромосому. Хромосома содержит 5380612 пары оснований.
2. Нуклеотидный состав генома
Было установлено, что в последовательности встречаются A, T, G, C.
| Основание | Кол-во | Процент,% |
|---|---|---|
| A | 1528561 | 28.41 |
| T | 1517790 | 28.21 |
| G | 1159360 | 21.55 |
| C | 1174901 | 21.84 |
По результатам исследования можно заметить, что правило Чаргаффа работает (Содержание тимина примерно равно содержанию аденина, содержание гуанина - цитозина)
3. Гистограмма длин белков
Проанализировав гистограмму, можно сделать вывод, что большая часть белков имеет длину от 100 до 300 аминокислотных остатков. Белков, длина которых не превышает 100 аминокислотных остатков, всего 360
4. Анализ генетического содержания
| genomic_accession | seq_type | chromosome | CDS | rRNA | tRNA | tmRNA | ncRNA |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NZ_CP081860.1 | chromosome | 1 | 3521 | 25 | 107 | 1 | 3 |
| NZ_CP081861.1 | chromosome | 2 | 1028 | 3 | 1 | 0 | 0 |
Данная таблица представляет собой обзор числа генов белков и генов различных типов РНК для каждого репликона (в данном случае — столбец 'chromosome') из генома. Значения в столбцах 'CDS', 'rRNA', 'tRNA', 'tmRNA' и 'ncRNA' представляют количество соответствующих генов для каждого репликона, указанного в столбце genomic_accession