Я рассмотрела результаты множественного выравнивания программ MAFFT, Clustal, Muscle.

Для выравнивания были выбраны белки: Q8IJ06_PLAF7,Q8I4N9_PLAF7,A0A143ZWD5_PLAF7 Выравнивание Clustal Выравнивание Muscle Выравнивание MAFFT

C помощью программы Кирцовой Ксении можно было сравнить выравнивания. Общие фрагменты выравнивания для Clustal и Muscle - 8. Для Clustal и MAFFT - 9

Существует несколько фрагментов, одинаково выровненных для 3 программ(Для Clustal 45-56, muscle 45-56, mafft 45-56; Clustal 323-324, muscle 323-324; mafft 331-332; clustal 330-380, muscle 330-380, mafft 338-388). Достаточно большое количество одинаковых выравнианиий указывает на гомологичность последовательностей.

Выравнивания отличаюся друг от друга. Наименьшим процентом выровненных колонок обладает MAFFT(у него выше точность). Точность определяется правильностью определения гомологичных позиций в последовательности.

Иношда меньшее количство выровненных колонок может быть признаком более точного выравнивания. Это из-за того, что, например, mafft более строг в определении того, какие позиции надо выровнять

2) Я выбрала 3 белка: Q8I2B9, C0H4Q7, Q8I0G7. Я загрузила структуры в Pymol

Вторичные структуры белков схожи

Выравнивание в Jalview

Выравнивание соответсует выравниванию в Pymol. Можно увидеть небольшие отличающиеся блоки.

MAFFT

Принцип работы MAFFT заключается в использовании быстрого преобразования Фурье (FFT) для ускорения поиска оптимальных сдвигов между последовательностями. Вот основные этапы работы MAFFT:

1. Программа начинает с оценки расстояния между всеми парами последовательностей, что помогает в создании гида или дерева взаимоотношений между последовательностями.

2. Используя созданное дерево, MAFFT осуществляет прогрессивное выравнивание. Это начинается с наиболее похожих последовательностей и постепенно добавляет к ним менее похожие, следуя иерархии, заданной деревом

3. Для определения оптимальных смещений последовательностей относительно друг друга MAFFT использует быстрое преобразование Фурье, что позволяет быстро вычислять лучшие совпадения по спектрам последовательностей

4. После первоначального выравнивания MAFFT может производить итеративные корректировки, улучшая выравнивание путём рефайнмента некоторых его частей.

k