Я выбрала протеом UP000016521 бактерии Pseudoalteromonas piscicida из предыдущих практикумов. В качестве контроля был выбран протеом UP000002438 патогенной бактерия Pseudomonas aeruginosa
| Вид бактерии | Pseudomonas aeruginosa | Pseudoalteromonas piscicida |
|---|---|---|
| Количество последовательностей(swiss-prot) | 5,563(1460) | 4,886(0) |
| CPD | Close to standard (low value) | Close to standard (high value) |
| BUSCO | C:99.5% (S:99% D:0.5%) F:0.3% M:0.3% | C:99.3% (S:98.4% D:0.9%) F:0.5% M:0.2% |
Команды для скачивания:
wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=((proteome:UP000228621))' -O UP001240614.swiss.gz
| Вид бактерии | Pseudomonas aeruginosa | Pseudoalteromonas piscicida |
|---|---|---|
| Количество трансмембранных белков(swiss-prot) | 1,243(228) | 1,007(0) |
| Количество ферментов | 1,273 | 2,360 |
| Гидролазы | 266 | 193 | Modified residue | 204 | 160 |
Использвались запросы: (proteome:UP000002438) AND ((ec:1) OR (ec:2) OR (ec:3) OR (ec:4) OR (ec:5) OR (ec:6) OR (ec:7)) для ферментов.
(proteome:UP000016521) AND (keyword:KW-0812) для трансмембранных белков
(proteome:UP000016521) AND (ec:3) для гидролаз
Так как одна из бакетрий патогенная я решила сравнить количество гидролаз. Потому что некоторые патогенные бактерии используют гидролазы для разрушения барьера организма хозяина, защиты от иммунных компонентов
я решила сравнить белки с посттрансляционными модификациями. У Pseudomonas aeruginosa их больше. Возможно это связано с регулированием более сложных процессов или адаптации к стрессовым ситуациям(изменение температуры, давления, наличие токсинов и т.д). Также эти белки могут участвовать в метаболической активности
Искала я Modified residue с помощью поиска по протеомам ((proteome:UP000016521)) и в разделе Proteins with я выбрала Modified residue