Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Carbamoyl phosphate synthase CARA_ECOLI CARA_BACSU 794.5 45.3 57.0 40 7
Biotin synthase BIOB_ECOLI BIOB_BACSU 470 28.5 49.1 69 9
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta ACCD_ECOLI ACCD_BACSU 597 41.3 58.4 36 7
Таблица 1 Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков при выравнивании программой needle
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Carbamoyl phosphate synthase CARA_ECOLI CARA_BACSU 798.5 47.2 58.9 30 7 97.6 96.4
Biotin synthase BIOB_ECOLI BIOB_BACSU 470 28.5 49.1 69 9 84.7 86.3
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta ACCD_ECOLI ACCD_BACSU 597 41.3 58.4 36 7 85.2 88.3
Таблица 2 Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков при выравнивании программой wat>
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
needle DADA_ECOLI CAH_BACSU 43.0 14.3 21.0 288 21 - -
water DADA_ECOLI CAH_BACSU 56.5 25.2 34.8 38 7 26.6 36.8
Таблица 3 Сравнение двух негомологичных белков

Количество гэпов в глобальном выравнивании значительно, и оно также относительно высоко в локальных выравниваниях. Также значения веса, Identity и Similarity достаточно небольшие. Это указывает на на отсутствие гомологии между исследуемыми белками

Я нашла белки с мнемоникой CARA (Carbamoyl phosphate synthase pyrimidine-specific small chain). Всего нашлось 252 белка. Для множественного выравнивания были выбраны белки: CARA_ECOLI, CARA_BUCAI, CARA_HELAH, CARA_MYCBO, CARA_PECCC,CARA_LEPBL, CARA_BACSU.

Выравнивание было построено в Jalview с помощью функций Fetch sequences и Alignment с опцией Muscle with Defaults

Гиперссылка на файл с проектом Jalview

Судя по выравниванию, белки гомологичны. Довольно большие консервативные участки: 36-54, 63-89, 340-377. Прмеры менее консерваивных участков: 1-10, 17-27, 30-35