Поиск генома

Я брала геномы с сайта геномы NCBI. Искала, чтоб сборка была до хромосом, по запросу Pseudoalteromonas

Выбрала 2 организма: Pseudoalteromonas carrageenovora IAM 12662 (LT965928.1) и Pseudoalteromonas sp. 3J6 (LR877185.1). Параметры алгоритмов я не меняла. Для blastn процент идентичности составил 79.47%, а покрытие 72%. Для megablast же 94.19% и 52% соответсвенно

Я выделила разными цветами перестройки.

На нижней цепи Pseudoalteromonas carrageenovora IAM 12662, на левой цепи Pseudoalteromonas sp. 3J6

Красным цветом обозначила участки с инверсией. Так же на них можно наблюдать транслокацию. на одно из участков могу предположить, что произошла делеция(по левой цепи), а потом инверсия

Синими цветами обозначила делецию по нижней цепи

Зеленым цветом обозначена транслокация