Мне было задано основание - гуанин. Я рассмотрела 5 гуанин из А формы.
В сторону большой бороздки обращены 5/С6,5/C5,5/O6,5/N7,5/N1
В сторону малой 5/N2, 5/N3, 5/N9, 5/C4, 5/C2
| Форма | Тип спирали | Шаг спирали | Число оснований на виток | Ширина большой бороздки | Ширина малой бороздки |
| A-форма | правая | 27,8 | 11 | 15.1 | 13.3 |
| B-форма | правая | 36,7 | 11 | 18,9 | 12 |
| Z-форма | левая | 18,5 | 5 | 10,8 | 6,5 |
у меяня была следующая структура РНК:1n77.pdb
В файле 1n77_old.out можно найти следующую информацию:Нуклеотиды, образующие стебли
В цепи С| Strand I | Strand II |
| 501-507 | 566-572 |
| 549-553 | 561-565 |
| 538-544 | 526-532 |
| 510-513 | 522-525 |
| Strand I | Strand II |
| 501-507 | 566-572 |
| 549-553 | 561-565 |
| 538-544 | 526-532 |
| 510-513 | 522-525 |
Неканоничные пары:
2 (0.005) ....>C:.502_:[..G]G-*---U[..U]:.571_:C<.... (0.008) |
13 (0.002) ....>C:.554_:[..U]U-**--A[..A]:.558_:C<.... (0.010) |
14 (0.005) ....>C:.555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518_:C<.... (0.003) x
15 (0.006) ....>C:.538_:[..A]A-**--C[..C]:.532_:C<.... (0.001) |
21 (0.007) ....>C:.544_:[..A]A-**--G[..G]:.526_:C<.... (0.008) |
25 (0.007) ....>C:.513_:[..U]U-*---G[..G]:.522_:C<.... (0.009) |
26 (0.004) ....>C:.508_:[..U]U-**--A[..A]:.546_:C<.... (0.004) |
27 (0.010) ....>C:.514_:[..A]A-**--A[..A]:.521_:C<.... (0.007) |
28 (0.024) ....>C:.515_:[..G]G-**+-C[..C]:.548_:C<.... (0.013) x
42 (0.002) ....>D:.554_:[..U]U-**--A[..A]:.558_:D<.... (0.008) |
43 (0.005) ....>D:.555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518_:D<.... (0.002) x
44 (0.005) ....>D:.538_:[..A]A-**--C[..C]:.532_:D<.... (0.002) |
50 (0.004) ....>D:.544_:[..A]A-**--G[..G]:.526_:D<.... (0.007) |
54 (0.004) ....>D:.513_:[..U]U-*---G[..G]:.522_:D<.... (0.008) |
55 (0.007) ....>D:.508_:[..U]U-**--A[..A]:.546_:D<.... (0.013) |
56 (0.006) ....>D:.514_:[..A]A-**--A[..A]:.521_:D<.... (0.005) |
57 (0.024) ....>D:.515_:[..G]G-**+-C[..C]:.548_:D<.... (0.004) x
Водородные связи, стабилизирующие третичную структуру тРНК:
29 (0.005) ....>C:.519_:[..G]G-----C[..C]:.556_:C<.... (0.002) +
58 (0.006) ....>D:.519_:[..G]G-----C[..C]:.556_:D<.... (0.003) +