С помощью комманды einverted -sequence 1n77_old.seq -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile outfile -outseq seqout мы получили
| Участок структуры | Акцепторный стебель | D-стебель | T-стебель | Антикодоновый стебель | Общее число канонических пар нуклеотидов |
| Позиции в структуре(по результатам find_pair) | 3'-501 ... 507-5' 3'- 566 ... 572 -5' | 3'-510 ... 513 -5' 3'- 522 ... 525 -5' | 3'-549 ... 553 -5' 3'- 561 ... 565 -5' | 3'- 538 ... 544 -5' 3'- 526 ... 532 -5' | 23 |
| Результаты предсказания с помощью einverted | 6/8(2-9;30-23) | 10/15(34-48;69-55) | 16 | ||
| Результаты предсказания по алгоритму Зукера | 501 ... 507; 566 ... 572 | 509 ... 513; 522 ... 526 | 549 ... 553; 561 ... 565 | 539 ... 543; 527 ... 531 | 22 |
C помощью define Jmol были заданы множества атомов атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1), кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2), азота в азотистых основаниях (set3)
Скрипт Скрипт с паузами| Контакты атомов белка с | 'Полярные | Неполярные' | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 10 | 14 |
| остатками фосфорной кислоты | 13 | 6 | 19 |
| oстатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 5 | 12 | 17 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
Аспарагин-147 в цепи F имеет наибольшее количество контактов, равное 3, с ДНК. Эти контакты представляют собой взаимодействия, которые могут быть опосредованы молекулами воды. Все три связи являются полярными.
