Задание 1

Я выбрала Caenorhabditis elegans для этого задания
From Wikipedia

Это свободноживущий круглый червь (нематода).Длина тела 1 мм. Полное развитие – 3-4 дня, срок жизни – 2-3 недели. Два пола (самцы ХО и гермафродиты ХХ) Первое многоклеточное, чей геном полностью секвенирован (уровень сборки - complete genome) На сегодняшний день прослежен путьразвития каждой клетки C.elegans, а такжеполностью описан коннектом – «карта»связей в нервной системе

Что каксается генома, то он состоит из 6 хромосом (5 аутосом + Х – хромосома)(в общем хромосом 12). Получены нокауты ряда генов

В поиск я ввела название организма и указала в фильтрах референсный геном, был найден 1 результат

Идентификатор GenBank GCA_000002985.3
Идентификатор RefSeq (при наличии) GCF_000002985.6
Общий размер генома (п.н.) 100.3 Mb
Число фрагментов генома в сборке 6
Число скэффолдов 6
Число контигов 6
Scaffold N50 17.5 Mb
Scaffold L50 3
Contig N50 17.5 Mb
Contig L50 3

COntig N50: Длина контига, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой и большей длины

Contig L50: Число контигов (наименьшее), в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки

Я скачала информацию о своей сборке из RefSeq чере NCBI FTP

Scaffold то же самое

Нуклеотидные последовательности генома: GCF_000002985.6_WBcel235_genomic.fna.gz

Последовательности белков: GCF_000002985.6_WBcel235_protein.faa.gz

Последовательности генома с аннотацией: GCF_000002985.6_WBcel235_genomic.gbff.gz