Отчет по практикуму 1 четвертого семесра

Гарипова Камила, 202 группа

Отобранные животные, их таксонамия и мнемоника

Вид Таксономия Мнемоника
Daption capense cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Sauropsida; Sauria; Archelosauria; Archosauria; Dinosauria; Saurischia; Theropoda; Coelurosauria; Aves; Neognathae; Neoaves; Aequornithes; Procellariiformes; Procellariidae; Daption DAPCA
Pelomedusa subrufa cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Sauropsida; Sauria; Archelosauria; Testudinata; Testudines; Pleurodira; Pelomedusidae; Pelomedusa PELSU
Lama glama cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Tylopoda; Camelidae; Lama LAMGL
Galidia elegans Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Feliformia; Eupleridae; Galidiinae; Galidia GALEE
Otomops martiensseni cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Chiroptera; Yangochiroptera; Molossidae; Otomops OTOMR
Panthera leo cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Feliformia; Felidae; Pantherinae; Panthera PANLE
Artibeus obscurus cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Chiroptera; Yangochiroptera; Phyllostomidae; Stenodermatinae; Artibeus ARTOB
Gallus gallus cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Sauropsida; Sauria; Archelosauria; Archosauria; Dinosauria; Saurischia; Theropoda; Coelurosauria; Aves; Neognathae; Galloanserae; Galliformes; Phasianidae; Phasianinae; Gallus CHICK
Camelus dromedarius cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Tylopoda; Camelidae; Camelus CAMDR
Panthera tigris Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Feliformia; Felidae; Pantherinae; Panthera PANTI
Glossophaga soricina cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Chiroptera; Yangochiroptera; Phyllostomidae; Glossophaginae; Glossophaga GLOSR
Leptonycteris curasoae cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Chiroptera; Yangochiroptera; Phyllostomidae; Glossophaginae; Leptonycteris LEPCU

(((DAPCA, CHICK), PELSU),((GALEE, (PANLE, PANTI)), (LAMGL,CAMDR), ((ARTOB, (GLOSR, LEPCU)), OTOMR))

NCBI
fastme (p-distance)

fastme (MtREV)
iqtree
На построенных деревьях есть клада (LAMGL,CAMDR,GALEE, PANLE,PANTI), а на дереве из NCBI ее нет, в остальном все так же

1. Реконструкция дерева по нуклеотидным последовательностям

Я не нашла подходящую замену для Otomops martiensseni
fastme p-distance
fastme p
fastme p-distance cyb
12s RNA p-dist
fastme p-distance 12S RNA
На дереве, построенном по помледовательностям 12s RNNA, (LAMGL, CAMDR) в одной кладе с (ARTOB(GLOSR, LEPCU)), а в дереве с цитохромом Б (LAMGL, CAMDR) в одной кладе с (GALEE(PANLE, PANTI))

2. Укоренение во внешнюю группу

В качестве внешней группы я выбрала Bombina bombina
fastme p-distance с внешней группой
Различие этого дерево с деревом NCBI заключается только в насличии клады (ARTOB, GLOSR, LEPCU, GALEE, PANTI, PANLE) и новой ветки BOMBO

Бутстреп

bootstrap
Наименьшая поддержка наблюдается у неверно построенной ветви: (ARTOB, GLOSR, LEPCU, GALEE, PANTI, PANLE)