Был выдан список из 6 ID генов Homo Sapiens
Данный список генов был проанализирован с помощью баз данных GO, The Human Protein Atlas
Для того, чтобы понять через какие функции и процессы гены могут быть связаны друг с другом, был проведен анализ
GO представляет собой граф биологических терминов, соединенных различными отношениями
Я проверила 3 категории в GO: Biological Process, Molecular Function, Cellular Component
Для анализа я выбрала PANTHER( Этот инструмент помогает понять, какие процессы чаще всего встречаются в списке моих генов по сравнению со всем геномом человека)
При поиске были выбраны следующие парметры: тест Фишера, поправка на множественное тестирование FDR
Biological process - сложные явления, необходимые для жизнедеятельности организмов и происходящие благодаря осуществлению последовательности молекулярных функций
Выдача
Molecular function - специфическая активность генного продукта на молекулярном уровне
Выдача
Большинство терминов относятся к окислительно-восстановительным реакциям, однако среди них выделяются функции, связанные с синтезом лейкотриенов, а также с активностью ферментов, работающих с глутатионом
Cellular component - части клетки или внеклеточного пространства, где осуществляется функция генного продукта
Отсутствие терминов в категории Cellular Component говорит о том, что белки распределены по разным клеточным компартментам, и их локализация не ограничена какой-либо одной органеллой
Вывод
Исследуемые гены объединены путями, связанными с липидным обменом и воспалительной реакцией: продукты этих генов участвуют в синтезе и метаболизме лейкотриенов, липоксинов, икозаноидов Мне кажется, что выбранные гены связаны именно участием в регуляции воспалительного ответа через окислительно-восстановительные реакции
Из раздела Summery можно узнать, что ALOX12 — это арахидонат-12 липоксигеназa, относящаяся к ферментам, участвующим в метаболизме липидов. Белок имеет 2 транскрипата и взаимодействует как минимум с еще 2 другими белками. Наиболее высокая экспрессия наблюдается в плоском эпителии шейки матки,при этом сам белок находится в цитоплазме
При раке ALOX12 проявляет низкую специфичность, но является прогностическим маркером для уротелиального рака мочевого пузыря
Функционально ALOX12 является липоксигеназой, катализирующей включение кислорода в полиненасыщенные жирные кислоты, формируя биоактивные липиды, включая (12S)-HPETE и лейкотриены. Эти продукты участвуют в регуляции активации тромбоцитов, воспалительных процессов
Таким образом, The Human Protein Atlas подтверждает вывод из GO анализа: ALOX12 участвует в метаболических и сигнальных процессаз, связанных с липидами