Я решила выбрать Rho независимую терминацию транскрипции у прокариот. Этот сигнал закодирован в РНК (представляет собой шпильку с богатыми GC составом)
Как я и написала выше носителем сигнала будет синтезированная мРНК с богатым GC составом в шпильке (а именно в РНК чаще всего 8-9 GC пар, а после 6-8 U)
Адресат сигнала: РНК-полимераза. Во время транскрипции она читает и синтезирует РНК. Далее в момент формирования шпильки белок NusA вызывает задержку полимеразы
Предназначение Rho-независимого терминатора - это прерываание транскрипции. После паузы слабые водородные между урацилами и аденинами позволяют разорвать дуплекс РНК ДНК
Сила сигнала определяется стабильностью шпильки и длинной У-конца (стабильностью РНК ДНК дуплекса. Чем прочнее шпилька и длиннее У хвост, тем лучше проходит терминация
Пример: на конце оперона гена триптофана (trp у E. coli) есть терминатор (его шпилька состоит из семи GC и одной AU пары, а дальше идет A-U-U-U-U конец)
A M Wu, T Platt Transcription termination: nucleotide sequence at 3' end of tryptophan operon in Escherichia coli Proc Natl Acad Sci U S A . 1978
Jeffrey W Roberts Mechanisms of Bacterial Transcription Termination J Mol Biol . 2019RNAmotif — ищет шпильки по заданному структурному паттерну (стебель-петля + U-богатый участок)
Erpin — использует профиль идеальной шпильки и вероятностный скоринг, учитывая ΔG и вариации в структуре.
Я решила загрузить последовательность гена E. coli trpA
Я выбрала следующие парамтры: Search strand - Both Color terminator stem loop - Yes Inverse U and T – select whether or not you want to keep Us (or Ts) as in input sequence or change them to Ts (or Us) - Change