infoseq - это консольная программа биоинформатического пакета EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite).
Она помогает найти информацию о последовательности белков и сиквенсах, в базах даных, потключенных к EMBOSS,
с помощью команды showdb.
| Название | Описание | Пример |
| -outfile | Выдает информацию о последовательности в этом файле по его названию | infoseq -outfile outfile.txt sw:uvrb_bacsu |
| -html | Выдает данные в html таблице, которую можно передать в файл | infoseq -html sw:uvrb_bacsu > outfile.html |
| -[no]columns | columns выдает данные в виде выровненных колонок, nocolumns же разграничивает колонки символом |.
Этот символ можно сменить с помощью параметра -delimiter | infoseq -nocolumns -delimiter ||||| sw:uvrb_bacsu |
| -only | Позволяет укоротить командную строку. Например, чтобы узнать только название последовательности, вместо -nolength -noac -nodatabase -nousa -noorganism -notype -nodescription достаточно ввести лишь -only -name | infoseq -only -name sw:uvrb_bacsu |
| -[no]heading | Показывает или убирает названия колонок с информацией. По умолчнию установлен параметр -heading, то есть столбцы озаглавлены. | infoseq -noheading sw:uvrb_bacsu |
| -usa | Показывает Единый Адрес Последовательности (Uniform Sequence Address). Применяется с -only. | infoseq -noheading sw:uvrb_bacsu |
| -database | Показывает название базы данных, к которой хранится данная последовательность. Применяется с -only. | infoseq -only -database sw:uvrb_bacsu > database.txt |
| -name | Показывает название последовательности. Применяется с -only. | infoseq -only -name sw:uvrb_bacsu |
| -ac | Показывает индивидуальный номер последовательности (accession number). Применяется с -only. | infoseq -ac -name sw:uvrb_bacsu |
| -description | Показывает краткое описание последовательности. Применяется с -only. | infoseq -only -description sw:uvrb_bacsu |
| -organism | Показывает название организма, которому принадлежит последовательность. Применяется с -only. | infoseq -only -organism sw:uvrb_bacsu |
| -length | Показывает длину последовательности (количество аминокислот для полипептида или пар нуклеотидов для НК). Применяется с -only. | infoseq -only -length sw:uvrb_bacsu |
| -type | Показывает тип последовательности (полипептид или НК). Применяется с -only. | infoseq -only -type sw:uvrb_bacsu |
| -seqversion | Показывает версию последовательности. Применяется с -only. | infoseq -only -seqversion sw:uvrb_bacsu |
| -gi | Показывает GI номер. Этот номер присваивается последовательностям из баз данных, относящихся к NCBI (национальному центру биотехнологической информации США). Применяется с -only. | infoseq -only -gi sw:uvrb_bacsu |
| -pgc | Показывает процентное содержание пар GC. Применяется с -only. | infoseq -only -pgc sw:uvrb_bacsu |
| -help | Показывает информацию о параматрах программы infoseq. | infoseq -help |
| stdin | 0. Стандартный поток ввода. По умолчанию это то, что пользователь набирает на клавиатуре во время работы программы. |
| stdout | 1. Стандартный поток вывода. Выводит результат работы программы. |
| stderr | 2. Стандартный поток ошибок. Используется для сообщений об ошибках. |
stdout и stderr по умолчанию выводятся в консольное окно вместе, поэтому просто так различить их нельзя. Однако один из них можно перенаправить в stdin другой программы или в файл, тогда второй поток останется в консольном окне.
| Наименование направления | Свойства |
| >file | Перенаправление выводимых данных в файл, перезаписывая его содержимое |
| >>file | Перенаправление выводимых данных в файл, дописывая их к содержимому файла |
| 2>file | Перенаправление ошибок в файл, перезаписывая его содержимое |
| 2>>file | Перенаправление ошибок в файл, дописывая их к содержимому файла |
| &>file | Перенаправление вывода и ошибок в файл |
| | echo | Перенаправление данных на ввод команды echo |
| Наименование спецсимвола | Свойства |
| / | Используется в качестве разделителя в путях директорий и файлов, в операционных системах Unix |
| ~/ | Используется для перехода к домашней директории текущего пользователя |
| ../ | Родительская директория. На директорию выше, чем та, в которой находитесь. |
| ./ | Команда для текущей директории |
| !568 | Используется в качестве разделителя в путях директорий и файлов в операционных системах Unix. 568 - номер команды с конца |