Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro.


Был произведен поиск доменов содержащихся в белке UVRB_BACSU

Схема из Pfam
Pfam ACPfam IDПолное название семейства доменовПоложение в последовательности белкаКлан
1PF04851ResIIIСемейство res-субъединиц рестриктаз III типа10-132 P-loop_NTPase - клан НТФ-гидролаз,
содержащих p-петлю. Клан состоит
из 198 семейств, необходимых для
образования, функционирования и
распада белковых комплексов.
Общее число доменов в клане -
1511292
2PF00271Helicase_C Семейство консервативных С-концевых доменов хеликаз.
Оно ограничено доменами лишь DEAD/H хеликаз, тогда
как это семейство можно найти в самых разных хеликазах
и хеликаха-подобных белках. Связано это с тем, что у
других хеликаз этот домен не является автономным.
463-545
3PF12344UvrB Семейство УФ-резистентных доменов В-белков.
Характерен для белков бактерий, архей и эукариот,
в среднем состоит примерно из 40 АА.
551-594Информации про клан нет
4PF02151UVRСемейство UvrB/UvrC-мотивов.625-660

Опсиание домена UvrB

  • Во сколько разных архитектур входит домен - 9
  • Для какого числа белков, содержащих домен, известна последовательность - 4463
  • Для какого числа разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура - 4 (из 11 записей PDB)
  • Выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену в
      * HTML формате
      * FASTA формате
  • Для анализа была выбрана доменная архитектура, состоящая из 2 доменов: UvrB и UVR.

    Таксон Кол-во белков с доменом UvrB (PF12344) Кол-во белков с доменом UVR (PF02151)
    ЭукариотыЗеленые растения532
    Грибы00
    Животные015
    Другие Эукариоты336
    Археи6265
    Бактерии43364465
    Вирусы00
    Всего: 44064616


    Сравните описание мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro.

    Разметка мотивов InterPro белка TENA_BACSU

  • Самый короткий мотив - UvrB, охватывает 551-594 остатки, описан в банке Pfam
  • Самый длинный - АТФ-связывающий домен, 9-425 остатки, описан в банке Smart
  • В InterPro интегрированы 5 структурных подписей для данного белка: